در سال ۱۲۲٠ (قمری) در شهر شوشتر متولد شد. نسب پدری او به عالم شیعه علی بن حسین نجار می‌رسد.پدر او مدتی در شهر کاظمین عراق سکونت داشت و او نیز مدتی به همراه پدر در این شهر ساکن بود. شیخ جعفر در اوایل هم مباحثهٔ علامه شیخ محمدآل یاسین بود، که در محضر شیخ عبدالنبی کاظمی و شیخ اسماعیل بن اسدالله کاظمی شاگردی نمود. او در ایام طاعون به شوشتر مراجعت کرد و پس از چندی به کربلا بازگشت و مدتی از تدریس شیخ محمدحسین اصفهانی، صاحب «فصول» و شریف‌العلماء استفاده کرد. سپس برای تحصیل علم به همراه پدرش به نجف رفت و این در زمانی بود که شیخ انصاری در رأس حوزه علمیه نجف بود. در سال ۱۲۵۵ به شوشتر بازگشت. رساله علمیه منهج الرشاد را نوشت و حسینیه‌ای در شوشتر بنا کرد. در سال ۱۲۸۷ مقبره دانیال نبی در شهر شوش به دستور شیخ جعفر شوشتری و به دست ملا حسن معمار ترمیم شد.مجدداً در سال ۱۲۹۱ قمری با خانواده اش به کربلا بازگشت و در سال ۱۳۰۲ یک سفر تاریخی به ایران داشت که از مسیر نجف، کربلا، بغداد به قصد زیارت علی بن موسی الرضا حرکت کرد و در حالی که سیزده روز از ماه رمضان باقی‌مانده بود به شهر ری در جوار مرقد حضرت عبدالعظیم وارد شد، پس از ورود به آنجا عده‌ای از علمای بزرگ تهران و امنای ناصرالدین شاه قاجار و سایر طبقات مردم به دیدار او رفتند و درخواست کردند که به تهران بیایند، او هم قبول کرد و به تهران آمد و در تهران در مسجد مروی به اقامه نماز جماعت و وعظ و ارشاد پرداخت.

شیخ جعفر یک خطیب توانا با بیانی رسا و بلیغ بود. موعظه‌ها و سخنان او آنچنان به او شهرت داده بود که فقاهت او را تحت‌الشعاع قرار داده بود. پس از مدتی چون مسجد مروی گنجایش جمعیت زیاد را نداشت ایشان به پیشنهاد شاه، به مسجد سپهسالار اقامه نماز و خطابه می‌کردند، به گفته یکی از شاگردان او، چهل هزار نفر در این جماعت شرکت می‌کردند. گفته می‌شود که ناصرالدین شاه غالباً با لباس مبدل در جلسات او حاضر می‌شد تا به خطبه‌های او گوش دهد.او در اوایل ماه شوال همان سال به طرف خراسان رفت در آنجا مریض شد، با این حال در نماز جماعت شرکت می‌کرد و مردم را موعظه می‌نمود، اثر موعظه‌های او به نحوی بود که علما و مجتهدین و مستمعین معمولاً مانند مجلس روضه، گریه و ناله می‌کردند. اقامت او در خراسان یک ماه هم کمتر شد، دوباره به تهران برگشت. از همان دهه اول و چند روز از دهه دوم محرم آن سال در تهران منبر رفت. در این ایام صدر اعظم و بسیاری از مردم به دیدار او رفتند. روزی هم ناصرالدین شاه به دیدار او رفت و به او پیشنهاد کرد که در تهران بمانند اما شیخ گفت که دوست دارم این مشت استخوان در جوار حضرت ابوتراب، به تیره تراب سپرده شود. سه فرزند پسر او بنام‌های ابراهیم، اسماعیل و محمدعلی بودند. علامه آقابزرگ تهرانی در مورد او می‌نویسد: «مرحوم شیخ جعفر شوشتری فرزند حسین شوشتری، از بزرگان علما و اجلاّ ء فقها و مشاهیر دانشمندان و از فراخوانان به سوی خدا ودعاة الی اللّه در عصر خود بوده‌است.»

شیخ جعفر شوشتری، پس از انجام رسالت دینی و ارشاد مردم در شهرهای مختلف ایران و زیارت علی بن موسی الرضا در مشهد به شوق زیارت حرم علی بن ابی‌طالب، راه عراق را درپیش گرفت، اما در منطقه غرب کشور و مرز کنونی ایران و عراق در منطفه کرند بیمار شد و پس از چند روز، سرانجام در تاریخ ۲۸ صفر سال ۱۳۰۳، درگذشت. پیکر او به وسیله جمعی از ارادتمندان، به نجف حمل و در یکی از رواق‌های حرم علی بن ابی طالب به خاک سپرده شد. در حال حاضر در شهر شوشتر مسجدی به نام مسجد شیخ جعفر شوشتری وجود دارد.

شنیده شده كه مرحوم شهید ثالث می فرمود كه مرحوم شیخ جعفر شوشتری وارد قزوین شد و در منزل برادر شهید ثالث، حاجى ملا محمد صالح منزل كرد و آن مكان مشتمل بود بر بوستان پس هر یك به جایى خوابیدند و من هم در گوشه آن باغ خوابیدم چون پاسى از شب گذشت دیدم كه شیخ مرا صدا می كند كه برخیز و نماز شب بپا كن. عرض كردم بلى برمی خیزم. و شیخ از کنار من گذشت و من دیگر بار خوابیدم ناگاه دیدم كه احوالم متغیر شد و درد دلى به من عارض شد و از شدت درد بیدار شدم متوجه شدم كه تغییر احوالم به جهت شنیدن صدایی است كه شنیده می شود و از شنیدن آن بسیار ملول شدم و به دنبال آن روانه شدم. وقتی به نزدیك صدا رسیدم دیدم كه جناب شیخ با نهایت تضرع و زارى و گریه و بیقرارى به مناجات مشغول است. پس صداى آن جناب چنان تاثیرى در من گذاشت كه از آن شب تا بحال كه بیست و پنج سال از آن مسئله می گذرد هر شب برمی خیزم و به مناجات با قاضى الحاجات اشتغال دارم.

میرزاى نورى(ره) در مستدرك مى نویسد: سید مرتضى نجفى كه مرد عادل و با تقوا و مورد اعتمادى است و در اوائل عمرش شیخ جعفر را درك كرده بود به من گفت، روزى شیخ جعفر براى نماز ظهر تاخیر كرد و به مسجد نیامد، مردم كه از آمدن شیخ ناامید شدند؛ نماز را به فرادا خواندند. زمانی نگذشته بود كه شیخ وارد مسجد شد، و با ناراحتى مردم را سرزنش كرد كه چرا نماز را فرادا مى خوانید؟ مگر یك نفر عادل بین شما نیست كه به او اقتدا كنید؟ سپس مومنى را دید - كه تا اندازه اى امكانات مالى نیز داشت - نماز مى خواند. فورا به او اقتدا كرده، و به نماز ایستاد. مردم كه شیخ را دیدند به آن مومن اقتدا كرده همه پشت سر او ایستادند و اقتدا كردند. آن مومن بقدرى شرمنده شد كه نمى دانست چگونه نماز را تمام كند. پس‏ از اداى نماز ظهر كنار رفته به شیخ عرض كرد: باید نماز عصر را خود جناب عالى امامت كنید. شیخ خوددارى كرد، و او اصرار نمود تا این كه بالاخره شیخ گفت: حال كه اصرار مى كنى، اگر پولى بدهى كه همین جا بین فقرا تقسیم كنیم از امامت تو صرفنظر مى كنم. آن مرد پذیرفت و دویست شامى كه (پول رایج آن زمان بود) به شیخ پرداخت و شیخ جعفر قبل از شروع به نماز عصر دستور داد فقرا را جمع كنند و پولها را بین آنها تقسیم نمود، سپس به نماز ایستاد.

از شخصیت بزرگی شنیدم كه روزی آیة‏الله‏ شیخ جعفر شوشتری(ره) با جمعی از تجار و مؤمنین، در كاروانسرایی نشسته بودند. مردم مسائل مذهبی را از ایشان می‏پرسیدند و شیخ پاسخ می‏داد. ناگاه دیدند به یك باره حال شیخ دگرگون شده، شروع به گریستن كرد. همه حاضران تعجب كردند كه گریه ایشان برای چیست. سرانجام یك نفر پرسید: آقا گریه شما برای چیست؟ ایشان با دست به گوشه‏ای اشاره كرد كه در آنجا الاغی بود و تازه بار آن را به زمین گذاشته بود. سپس گفت: این الاغ را ببینید! من او را نگاه می‏كردم؛ دیدم پس از بارگیری به من نگاه می‏كند و با نگاه خود به می‏گوید: ای شیخ! ای عالم و ای انسان! دیدی من چگونه بارم را به سلامت به منزل رساندم، آیا تو هم بار خویش را، یعنی بار امانت را سالم به منزل رسانیدی؟ گریه‏ام برای این است كه یك حیوان چگونه می‏تواند با سربلندی بارش را به منزل برساند؛ اما من كه انسان هستم، نتوانم و در نتیجه، پیش مولایم سرشكسته هستم.

محدث کاظمینی" در تکلمه، "محدث نوری" در دارالسلام و "محدث قمی" در فواید، به ذکر محاسن و فضائل اخلاقی و مراتب علمی به خصوص زهد و تقوای شیخ جعفر شوشتری پرداخته و صاحب ترجمه را کراماتی بر شمرده اند. علامه نوری با حاج شیخ جعفر معاصر بود و حکایتی از زبان خود شیخ جعفر شوشتری نقل می فرماید. خلاصه آن که شوشتری پس از خاتمه درس از نجف به زادگاه خویش مراجعت می نماید. وی می گوید: مدتی مردم را از روی کتاب(تفسیر صافی محسن فیض) موعظه می نمودم و از روی کتاب روضة الشهدا برای آنها روضه می خواندم و از حفظ، بیانی نداشتم. سالی بدین منوال گذشت و از این که ملای کتابی (از رو خواندن) بودم خیلی رنج می بردم. مایل بودم ناصحی نطاق و ذاکری شیوا و زبان آور باشم. به ائمه مخصوصا سالار شهیدان متوسل بودم و در عین حال تا نیمه شبها راه چاره می جستم تا به خواب فرو می رفتم. سرانجام شبی در عالم رؤیا دیدم، که گویی در صحرای کربلا هستم و همانگونه که شنیدیم دو لشکر به روی هم صف بسته اند (صفی نابرابر) من خود را سریع به خیمه گاه حسینی(علیه السلام) رسانیدم، وارد خیمه شدم و سلام کردم. آن حضرت پس از التفاتی مرا به کنار خویش خواند و به حبیب بن مظاهر فرمود: حبیب برای میهمان عزیز آب که نداریم، با آن مختصر آرد و روغن، غذایی آماده ساز. حبیب برخاست و به دستور حضرت عمل نمود و من مختصری از آن غذا را خوردم و بیدار شدم و بعد از آن به برکت آن غذا، بدون کتاب سخنرانی می کردم. که البته شایان ذکر است که ایشان از بهترین وعاظ جهان تشیع گردید.

حقیر این را از خیلی ها شنیده ام که بقولی مرحوم شیخ جعفر آقا شوشتری رحمت الله علیه روضه مکاشفه داشته اند 😭صلی الله علیک یا اباعبدالله الحسین

یکی از کاربران محترم درباره مکاشفه سوال داشتند :

همان گونه که انسان وقتی خوابی می‌بیند، این دیدن و شنیدن در خواب، با چشم و گوش ظاهری نیست. فرقی که مکاشفه با خواب دارد این است که، شخص خواب، حواس ظاهری اش چیزی را درک نمی‌کنند؛ اما در مکاشفه، ضمن این که روح مشغول درک حقایق است، در همان زمان گوش ظاهری، صداهای اطراف را هم می‌شنود

حال اگر روح با قدرت و تمرکز بیشتری عمل کند و در هنگام ادراک مطالب، چشم انسان نیز باز باشد این حالت را مشاهده می‌نامند. این حالات غالباً نشان دهنده آن است که، شخص نسبت به چیزی که در مکاشفه یا مشاهده دیده‌است علاقه زیادی دارد و به خاطر انقطاع از دیگران و اطراف خود، چنین حالتی را به‌طور موقت یا دائم بدست آورده‌است.

کشف و مکاشفه دو اصطلاح عرفانی است؛ قیصری می‌گوید: کشف در لغت رفع حجاب است و در اصطلاح عرفا به معنی اطلاع بر ماورا حجاب از معانی غیبی و امور خفیه است. کشف یا معنوی است یا صوری، مراد از کشف صوری اموری است که در عالم مثال است و به دو طریق مشاهده یا شنیدن صور ارواح و انوار روحانیه مکاشف می‌گردد؛ و کشف معنوی کشفی است که عبارت است از حقایق و عبارت است از ظهور معانی غیبی و حقایق عینی است.