تغییر نام خانوادگی برخی درباره تغییر نام خانوادگی نواب صفوی از میرلوحی به نام خانوادگی مادرش، نقل کرده ‎اند احتمالا این اقدام برای در امان ماندن سید مجتبی از تبعات فرزندی یک محکوم انجام شده است؛ در عین حال یراوند آبراهامیان در کتاب «ایران بین دو انقلاب» این تغییر را از جانب نواب حرکتی نمادین برای «اعلام وحدت با بنیانگذاران نخستین دولت شیعی در ایران» دانسته است؛ هر چند این نظر دور از ذهن به نظر می رسد، زیرا نه صفویه نخستین دولت شیعی در ایران بود و نه این تغییر در زمان اعلام تشکیل گروه فدائیان اسلام صورت گرفته است.

تشکیل جمعیت فدائیان اسلام حکم ارتداد؛ اجتهاد یا تقلید از موارد قابل بحث درباره نواب صفوی، منشا اعتقاد وی به ارتداد کسروی است. در بازجویی هایی که از وی به عمل آمده نیز از او درباره این‎که این اعتقاد براساس اجتهاد شخصی بوده و یا تقلید از دیگر مراجع، سوال شده است.شهید مهدی عراقی این اعتقاد را نتیجه استفتاء نواب از حاج آقا حسین قمی و جواب او مبنی بر مرتد و واجب القتل بودن کسی مانند کسروی، می داند.بنابر نقلی که به نوعی تایید این نظریه است آیت الله قمی در جواب عده ای از نمایندگان دربار پهلوی که برای دیدار وی به نجف رفته بودند درباره اقدام به قتل کسروی می گوید: عمل آن ها (فدائیان اسلام) مانند نماز از ضروریات بوده و احتیاجی به فتوا نداشته زیرا کسی که به پیغمبر و ائمه اطهار علیهم السلام جسارت و هتاکی کند قتلش واجب و خونش هدر است.  با توجه به موارد مذکور محققین درباره این که قتل کسروی با اجازه برخی مراجع وقت بوده است تردیدی نداشته و این اجازه را از جانب علمایی چون علامه امینی، سید ابوالحسن اصفهانی، حاج آقا حسین قمی، شیخ محمد تهرانی، سید ابوالقاسم کاشانی، و حتی سید محمد بهبهانی ثابت می‎دانند. بنابر اسناد تاریخی موجود نواب صفوی خود در بازجویی هایش و در جواب این سوال که «شما روی چه عنوانی، و به اجازهء کدام مجتهد این کارها را کرده اید؟ می گوید: اجازه مجتهد نمی خواهد، زیرا ما جهاد که نمی کنیم. اینها مهاجم هستند، و اگر کسی به اسلام و ناموس مسلمین مهاجم بود، بر هر مسلمانی،واجب است دفاع کند. و چون ما قدرت داریم و می توانیم، دفاع می کنیم.»  نواب و مصدق از پیمان تا زندان در سال های پرتنش دهه سی شمسی، مبارزات مشترک مذهبیون به رهبری سید ابوالقاسم کاشانی و ملی گراها به رهبری مصدق علیه حکومت پهلوی به اوج خود رسیده بود که ملی شدن صنعت نفت یکی از اهداف این مبارزات و رزم آرا نخست وزیر وقت مهم ترین مانع جهت تحقق آن به شمار می‎رفت.  بنا بر روایت برخی نزدیکان به جمعیت فدائیان اسلام، در آن روزها نواب صفوی با برخی از سران جبهه ملی از جمله دکتر فاطمی، حسین مکی و حائری زاده و چند نفر دیگر ملاقاتی ترتیب داده و از آنان درباره اجرای احکام اسلام در صورت به قدرت رسیدن جبهه ملی عهد می‎ گیرد. با قبول این پیمان از جانب نمایندگان ملّیون، نواب نیز قول حذف فیزیکی رزم آرا به عنوان مانع اصلی ملی شدن صنعت نفت و اداره حکومت بر اساس موازین اسلام را به آنان می دهد. با آغاز دوران نخست وزیری مصدق، اختلافات وی با نواب شروع شد، دستگیری های متعدد اعضای فدائیان اسلام از جانب دولت ملی، اعتراض های نواب به این بازداشت ها، همچنین صدور بیانیه هایی از جانب نواب که در آن خواستار اداره کشور توسط پیشوای مسلمین شده بود به این اختلافات دامن زد،در نتیجه آن نواب در ۱۳ خرداد ۱۳۳۰ شمسی دستگیر و به زندان قصر منتقل شد. نواب صفوی به مدت بیست ماه از بیست و هشت ماه دولت مصدق را در زندان بود و تنها زندانی سیاسی این دوره است. علت این محکومیت در دادگاه حمله نواب به یک مغازه مشروب فروشی در ساری مربوط به دوسال قبل از دستگیری اعلام شد. در پی این واقعه پنجاه و یک تن از فدائیان پس از ورود به زندان برای ملاقات با نواب خارج نشده و در آن جا برای آزادی رهبرشان متحصن شدند؛ این تحصن توسط نظامیان وقت به پایان رسید.و این کشمکش ها به اختلاف میان فدائیان و سید ابوالقاسم کاشانی نیز منجر شد. چالش ها با آیت الله بروجردی فدائیان اسلام تا پیش از استوارشدن جایگاه آیت الله بروجردی مورد حمایت برخی مراجع قم از جمله آیت الله محمد تقی خوانساری بودند. اما بنابر روایات شفاهی موجود از سال ۱۳۲۹ش به بعد نواب و طرفدارانش مشکلاتی با دستگاه آیت الله بروجردی پیدا کردند. ریشه این اختلافات را در نوع نگاه و نگرش فدائیان که سخت سیاسی بودند با آیت الله بروجردی که چنین نگاهی به سیاست و مداخله در آن نداشت(تا جایی که هیچ مداخله ای در جریان ملی شدن صنعت نفت نکرد) دانسته اند. این اختلاف ها با ورود و نفوذ فدائیان در حوزه علمیه قم شدت گرفت و تا منازعات فیزیکی برخی منسوبین به بیت آیت الله بروجردی از جمله فردی به نام شیخ علی لُر با شماری از فدائیان پیش رفت.[ مطابق برخی نقل ها آیت الله بروجردی در یکی از جلسات درس خود و در یکی از برخوردهای مستقیم با فدائیان اسلام می گوید: «دعوت به اسلام و مبارزه برای اسلام که بدین صورت نیست. با تهدید و غصب اموال مردم که نمی شود مبارزه کرد.» این سخنان در پی نامه هایی بود که در شکایت از فدائیان به وی رسیده بود.

 برخی افراد بروز این اختلاف ها و موضعگیری ‎ها را حاصل اقدامات برخی افراد مشکوک می دانند که هم میان طرفداران فدائیان در قم و هم در میان هواداران آیت الله بروجردی حضور داشتن در کنار این جریانات، خاطرات مختلفی درباره کمک های مالی آیت الله بروجردی به فدائیان و به خصوص نواب صفوی وجود دارد. آیت الله بروجردی در ابتدا به حمایت از فدائیان می پرداخت و حتی از طریق سیدحسین بُدَلا(۱۲۸۶-۱۳۸۲ش) که جزو شورای استفتای ایشان و عموزاده عبدالحسین واحدی بود، به فدائیان کمک مالی می کرد. اما از بهار ۱۳۲۹ش اختلاف ها با فدائیان بالاگرفت و در نهایت منجر به مهاجرت تعدادی از طلاب طرفدار فدائیان از قم به تهران شد. نواب در یکی از بازجویی ها با اذعان به اعلمیت آیت الله بروجردی، درباره عدم اقدام سیاسی توسط وی می گوید: «من سرباز اسلام هستم و آقای بروجردی افسر هستند. و تا زمانی که سرباز هست، افسر به میدان نمی رود. ایشان، مقامشان عالی تر است و از طرفی، ما هستیم. اگر ما نبودیم، ایشان اقدام می فرمودند. با وجود ما، لازم نیست که ایشان اقدام بکند.» آیت الله بروجردی در قضیه اعدام نواب صفوی و فدائیان اسلام دخالتی نکرد که البته این را ناشی از اطمینان وی به عدم اعدام آنان توسط رژیم می دانند.  شهادت و دفن نواب صفوی و برخی از یارانش در ۲۷ دی ۱۳۳۴ش به دست رژیم شاهنشاهی تیرباران شدند. بدنش در قبرستان وادی السلام قم به خاک سپرده شد

🦋🌤 شهید سید مجتبی نواب صفوی می گفت: خواب امام حسین (ع) رو دیدم. حضرت بازو بندی روی دست راستم بستند روی بازوبند نوشته شده بود: "فدائیان اسلام"... واسه همین اسم گروهمون شد فدائیان اسلام... منبع: کتاب دانشجویی نگاهی به زندگی و مبارزات رهبر فدائیان اسلام 💚 شهید #سید_مجتبی_نواب_صفوی 🕊🌱 ─━━━⊱❅✿•❅•✿❅⊰━━━─