پس از این وقایع👆🏻 سازمان که تنها راه موجود برای مطرح کردن خود را ایجاد غائله و غوغا می دید، در اقدامی هماهنگ و با زمینه چینی، دست به ایجاد درگیریها و آشوبهایی پراکنده و نامنظم در اقصی نقاط کشور، به درگیری با اقشار مختلف مردم و نیروهای انقلاب مانند سپاه پاسداران انقلاب اسلامی پرداخت

سازمان رفته رفته به رودررویی مستقیم با نظام جمهوری اسلامی پرداخت و در تاریخ ۳۰ خرداد ۶۰ با صدور اطلاعیه ای، رسما وارد جنگ مسلحانه با نظام شد و برای براندازی حکومت اسلامی از طریق مسلحانه خیز برداشت...

در تاریخ ۷ مرداد ۱۳۶۰ ابوالحسن بنی صدر بعد از اینکه مجلس شورای ملی، به بی کفایتی سیاسی وی رای داد، و متعاقبا توسط امام خمینی، از مقام ریاست جمهوری عزل شد، به اتفاق مسعود رجوی، سرکرده سازمان مجاهدین خلق، از ایران گریختند و پس از ورود به فرانسه، از آنجا مبارزه مسلحانه و تروریستی خود بر علیه نظام جمهوری اسلامی را ادامه دادند.

این سازمان، پس از انجام عملیاتهای تروریستی متعدد در ایران، در جریان جنگ ایران و عراق، با حمایت حکومت صدام در عراق مستقر شد و البته در آمریکا و کشورهای اروپایی نیز به فعالیت های خود علیه جمهوری اسلامی ایران ادامه دادند

در دوران جنگ تحمیلی عراق علیه ایران، این سازمان با استخبارات عراق، همکاری تنگاتنگی داشته و ماموریتهای اطلاعاتی را برای عراقی ها در خاک ایران به انجام می رسانده است

گفته شد که سازمان منافقین، پس از درپیش گرفتن فاز مسلحانه و برای براندازی نظام جمهوری اسلامی، به اقدامات تروریستی روی آورد. این سازمان علاوه بر اینکه، در این مدت به ترورهای کور و بی هدف مردم بی گناه کوچه و بازار می پرداخت... به ترور شخصیتهای سیاسی نظام نیز روی آورد

در تاریخ ۶ تیر ۱۳۶۰ آیت الله سید علی خامنه ای در مسجد ابوذر تهران، مورد سوء قصد عوامل سازمان مجاهدین خلق قرار گرفت و مجروح شد.

روز بعد در تاریخ ۷ تیر ۶۰، سازمان، طی یک عملیات تروریستی، با گذاردن بمب در محل ساختمان و مقر حزب جمهوری اسلامی در تهران، آیت الله بهشتی و ۷۲ تن از یاران امام خمینی، را به شهادت رساند.

در تاریخ ۱۴ مرداد ۱۳۶۰ دکتر حسن آیت نماینده مجلس خبرگان نماینده مجلس شورا و عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی توسط سازمان منافقین ترور شد

در تاریخ ۸ شهریور ۶۰، در فاجعه تروریستی دیگری، با انفجار بمب در ساختمان نخست وزیری، محمد علی رجائی، رئیس جمهور و محمد جواد باهنر، نخست وزیر را ترور کرده و به شهادت رسانیدند

سازمان منافقین که پس از این اقدامات در دهه ۶۰، برای مدتی، حرکتهای تروریستی و ورود تیم های نظامی به داخل کشور را متوقف کرده بود، از سال ۱۳۷۷، دوباره فاز جدید تخریب و ترور را شروع کرد