«29 فروردین 1318 بود که پنجمین فرزند آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای در مشهد به دنیا آمد
؛ نامش را علی گذاشتند»
نسب آیت الله خامنه ای به حضرت سلطان سید محمد که از سادات حسینی است و با چهار واسطه فرزند امام سجاد می شود می رسد . ایشان به دلیل ظلم و جور عباسیان به مناطق مرکزی ایران و تفرش ، آشتیان و فراهان می آیند و از سوی مردم آن مناطق مورد استقبال قرار می گیرند ولی مأموران عباسی در تفرش ایشان را دستگیر و شهید می کنند و هم اکنون مزار ایشان در میقان اراک قرار داد . سید محمد فرزند سید محمدتقی ، فرزند سید میرزا علی ، فرزند سید میرزا اکبر ، فرزند سید فخرالدین از شجره مبارک حضرت سلطان سید محمد است که از تفرش به آذربایجان مسافرت می کنند و در شهر خامنه – 80 کیلومتری شمال غربی تبریز – ساکن می شوند . بعد از وی سید حسین ، فرزند سید محمد در خامنه مشغول هدایت و ارشاد مردم می شود و البته به نجف اشرف سفر می کنند و در آنجا به درس و بحث اشتغال می ورزند . ایشان جد حاج سید علی خامنه ای بودند
سید جواد فرزند سید حسین و پدر مقام معظم رهبری – که با شهرت خامنه ای شناخته می شود – در نجف اشرف در خانواده ای روحانی ، در سال 1273 شمسی متولد شد . در سه سالگی همراه پدر به تبریز می آیند و در محله " خیابان " سکنی برمی گزینند . وی در نوجوانی شاهد ماجراهای مشروطیت بود ، مخصوصا اینکه شوهر خواهرش " شیخ محمد خیابانی " رهبری بخش بزرگی از جریان مشروطه خواهی را در شمال غرب ایران رهبری می کرد و بطور بدیهی تمام خانواده را درگیر این جریانات ساخته بود .
آیتاللّه سید جواد حسینی خامنه‌ای، از علمای بزرگ، مجتهدان پرهیزگار و روحانیون زاهد روزگار، در حدود سال 1274 ش (1313ق) در شهرستان خامنه در نزدیکی تبریز در آذربایجان‌شرقی زاده شد و تحت تربیت پدری فقیه و عالم رشد کرد. وی به دلیل سفر پدرش، همراه خانواده به نجف می‌رود و پس از سه سال به تبریز بازگشته و در محله "خیابان" سکنی برمی‌گزیند. دوران نوجوانی را در جریان رخداد‌های نهضت مشروطه گذراند. جنگ‌های محله امیر خیز، شهادت ثقه‌الاسلام و جنازه به دار کشیده او در روز عاشورا، سخنرانی‌های پرشور و بلند شوهر خواهر خود، شیخ محمد خیابانی را که گاه تا 4 ساعت ادامه می‌یافت از نزدیک دید.
آقا سید جواد ، پس از چند ماه نقاهت و ضعف در سن 93 سالگی به لقاءالله پیوست و پیکرش در دارالفیض حرم مطهر حضرت رضا(ع) دفن گردید. حضرت امام خمینی پس از مطلع شدن از رحلت این عالم بزرگوار، پیام تسلیتی را به شرح زیر منتشر کردند:
جناب حجت‌الاسلام آقای حاج سید علی خامنه‌ای رییس‌جمهور محترم دامت افاضاته
رحلت والد معظم جنابعالی که عمری با علم و تعهد و تقوا به سر بردند، موجب تأسف گردید. این مصیبت را به جنابعالی و اخوان محترم و خاندان جلیل تسلی گفته، سلامت و موفقیت آن جناب را از خدای تعالی مسئلت دارم.
والسلام علیکم و رحمة‌الله
28 شوال المکرم 1406
روح‌الله الموسوی الخمینی
(15 تیر 1365)
واما نسب مادری حضرت آقا را بخوانید⤵️
همسر حاج سید جواد و مادر حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، دختر آیت‌الله سید هاشم میردامادی و نجف‌آبادی، از علمای برجسته نجف‌آباد اصفهان بودند. آیت‌الله سید هاشم میردامادی متولد 1303 ه.ق در نجف اشرف بودند که در سال 1210 ه.ش به مشهد رفتند. ایشان در سال 1314 به علت سخنرانی تند علیه رضاخان به سمنان تبعید شدند اما در سال 1339 ش دوباره به مشهد بازگشتند و به تفسیر قرآن در گوهرشاد پرداختند.
آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای از بانو خدیجه میردامادی دارای چهار پسر و یک دختر شد. سید محمد، سید علی، بدر السادات، سید هادی و سید محمد حسن. او پس از 93 سال زندگی در 14 تیر 1365 درگذشت و در توحید خانه "رواق پشت سر مرقد امام رضا(ع)" رخ در نقاب خاک کشید.
رهبر معظم انقلاب در خصوص پدر بزرگوارشان در کتاب شرح اسم نوشته‌اند:
«پدرم روحانى معروفى بود، اما خیلى پارسا و گوشه‌گیر... زندگى ما به سختى مى‌گذشت. من یادم هست شب‌هایى اتفاق مى‌افتاد که در منزل ما شام نبود! مادرم با زحمت براى ما شام تهیه مى‌کرد و... آن شام هم نان و کشمش بود.»
اما خانه‌اى را که خانواده سیّد جواد در آن زندگى مى‌کردند، رهبر انقلاب چنین توصیف مى‌کنند:
«منزل پدرى من که در آن متولد شده‌ام، تا چهار ـ پنج سالگى من، یک خانه 60 ـ 70 مترى در محله فقیرنشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیر زمین تاریک و خفه‌اى! هنگامى‌که براى پدرم میهمان مى‌آمد (و معمولاً پدر بنا بر اینکه روحانى و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت) همه ما باید به زیر زمین مى‌رفتیم تا مهمان برود. بعد عده‌اى که به پدر ارادتى داشتند، زمین کوچکى را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما داراى سه اتاق شدیم
همون طور که اشاره داشتم
دوره هشت ساله ریاست جمهوری حضرت آیت الله خامنه ای، دوره مدیریت جنگ و محاصره اقتصادی، در کنار پروسه مهم ساختار سازی و هماهنگی نهاد ها برای انتظام جمهوری اسلامی بود