مهم‌ترین موضوع، ماجرای نابینایی پدر بود؛ آقا به خاطر پدر درس در قم رو رها کرد و برگشت مشهد. این باعث شد علاقه پدر به سیدعلی بیشتر از همیشه شود. اوایل دهه ۴۰، چشم پدر به بیماری آب‌مروارید و آب‌سیاه مبتلا شد که خطرناک بود و کسی باید کنارش می‌موند و مراقبت می‌کرد. برادر بزرگترش سیدمحمد تازه ازدواج کرده بود و رفته بود زندگی خودش. خواهرکوچکترش هم اون موقع نوجوان بود. برادرهای کوچک‌ترش مثل سیدهادی هم سنشون کم بود.

آقا در قم پیش مرحوم آقای مرتضی حائری درس میخواند و این درس خیلی خاص بود و ظاهراً مدتی آقا تنها شاگرد این استاد بود؛ یعنی درس یک‌نفره داشتند. آقای حائری هم به آقا علاقه داشت و جزوه‌های خودش را می‌داد به آقا تا استفاده کند. وقتی آقا تصمیم گرفت بخاطر پدر برگردد مشهد، بعضی از استادهایش از جمله آقای حائری راضی نبودند. بعضی از فضلای قم هم می‌گفتند که سیدعلی خامنه ای یا رئیس‌کل می‌شود یا رئیس خراسان که منظور از «رئیس»، مرجعیت بود. این ها نشان می‌دهد که آقا در قم چقدر پیشرفت علمی داشته است.

به همین خاطر او مردد بود که چکار کند، از طرفی استادها راضی نبودند، از یک طرف وضع پدرش بود و احساس مسئولیت می‌کرد. به رفیقش مرحوم ضیاء آملی گفت: هر چی نگاه می‌کنم، می‌بینم دنیا و آخرتم در قمه، اما از طرفی پدرم اون وضع رو داره. آقا ضیاء گفت: اگر خدا بخواد، دنیا و آخرت تو رو همین مشهد درست می‌کنه.

همون جا با خیال راحت تصمیم گرفت به مشهد برگردد. جالب این که بعد از این تصمیم، یکی‌یکی درها به روی آقا باز شد، هم از نظر تدریس، هم مسجد و منبر و ...