آیت الله شهید قدوسی پس از کودتای ۲۸ مرداد به دروس خود در حوزه ادامه داد. درس خارج را نزد آیت الله بروجردی و امام خمینی (ره) و دروس فلسفه را نزد علامه طباطبایی فرا گرفت . با پیش آمدن مسئله کاپیتولاسیون در ۴ آبان ۱۳۴۳ و سخنرانی کوبنده امام خمینی (ره) در اعتراض به این مسئله که منجر به دستگیری ایشان در ۱۳ آبان و تبعید به ترکیه شد، جامعه مدرسین با اعتراض شدید اقدام به انتشار اعلامیه‌ها و نشریات مخفی کرد.