زهره صادقی در سال ۱۳۵۳ با سیدمحمد خاتمی ازدواج کرد. حاصل ازدواج آنها، دو دختر به نام‌های لیلا و نرگس و یک پسر به نام عماد است.
لیلا در سال ۱۳۵۵ به دنیا آمد و دارای مدرک دکتری است و اکنون به همراه همسرش در خارج از کشور زندگی می‌کند. نرگس در سال ۱۳۶۱ به دنیا آمد و اکنون در مقطع دکترا در حال تحصیل است. او نیز به همراه همسرش در خارج از کشور اقامت دارد، عماد نیز در فرودین ۱۳۶۷ به دنیا آمد و دارای کارشناسی ارشد مطالعات منطقه‌ای است و درسال ۹۸خبری منتشر شد که عماد به همراه همسرش به خارج از کشور مهاجرت کردند