بخش دوم اين كتاب به مباحث «بررسی معارف اسلام از قرآن و تاريخ» است كه در آن مباحثی با عنوان «دين اسلام و قرآن»، «تاريخ و دعوت اسلام»، «جنگ‌‌های پيامبر(ص) مانند جنگ احد، بدر، احزاب، خيبر و هوازن»، «صلح حديبيه»، «سيره محمد (ص) و ضرورت دفاع از آن»، «اسلام و مسيح»، «غزوه "بنی‌القينقاع" و "بنی قريضة"»، «فتح مكه»، «صلح حديبيه»، جنگ مؤتة و تبوك»، «آموزش قرآن با اخلاق فاضل»، «اسلام و مسيح»، «مذهب داروين در اصل انواع»، «برهان‌های توحيد در قرآن»، «نياز به شريعت»، «كرامت قرآن در استدلال‌های آن»، «استدلال‌های قرآنی در آفرينش زمين»، «نفی تعدد و شرك از خداوند»، «عقول ده‌گانه و فلاسفه» پرداخته می‌شود. بخش سوم كتاب الرحلة المدرسية نيز به دفاع از اعتقادات دين مبين اسلام اختصاص دارد و در آن موضوعاتی همچون «متشابهات قرآن»، «فوايد آفرينش انسان و حيوانان در نظام هستی»، «رسالت كلی قرآن كريم»، «صفات رسول اكرم(ص) در قرآن»، «تنوع معجزه‌ها به اقتضای حكمت»، «معاد جسمانی در تورات و انجيل»، «مغالطه در معاد جسمانی و جهنم»، «مسئله اسراء از مسجد الحرام به مسجد الأقصی»، «انجيل و برزخ»، «عهد جديد و قيامت»، «حج در دين اسلام» و «مكه و تاريخ و استدلال قرآنی برای آن» بررسی شده است.