شهيد بزرگوار استاد مطهري(ره) نيز به درس ايشان عنايت خاصّي داشتند. آيت الله محمد حسين احمدي يزدي در اين باره مي‌گويد:«آيت الله شهيد مطهري درباره درس آيت الله بهجت به ما خيلي سفارش مي‌کرد و مي‌فرمود: حتماً در درس ايشان شرکت کنيد مخصوصاً در اصول، چون آقاي بهجت درس آقا شيخ محمد حسين اصفهاني را ديده حتماً در درس ايشان شرکت کنيد.» استاد خسرو شاهي مي‌گويد:«بنده در درس فقه خارج خيارات حضرت آيت الله شيخ مرتضي حائري شرکت مي‌کردم. ايشان اواخر عمر مريض بودند و درسشان تعطيل شد. يک روز وقتي که آيت الله حايري از حرم بيرون مي‌آمدند، به خدمتشان رفتم و پس از سلام عرض کردم: ان شاء الله درس را شروع مي‌فرماييد؟ فرمودند: نه. بعد فرمودند:«شما که جوان هستيد من يک ضابطه‌اي را در اختيار شما قرار بدهم، و آن اين که درس کساني شرکت بکنيد که فقط نقل اقوال نکنند؛ بلکه اقوال را بررسي کرده و نکاتي را در درس بيان کنند که در فعليت رساندن ملکه اجتهاد خيلي سودمند باشد. چون درسي براي شما مفيد است که اين ملکه اجتهاد را از قوه به فعليت برساند، و تنها به نقل اقوال کفايت نکند.» من همان جا به ايشان عرض کردم: جناب عالي کسي را با اسم براي ما معرفي بفرماييد. فرمودند:«من از اسم بردن معذورم.» عرض کردم: من در درس آيت الله العظمي بهجت شرکت مي‌کنم. ايشان اظهار رضايت نمود و تبسم کردند و فرمودند:«درس ايشان از نظر دقت و محتوا همين قاعده و ضابطه‌اي را که به شما گفتم دارد، خوب است که در درس ايشان شرکت مي‌کنيد. درس ايشان از هر جهت سازنده است، هم از جهت علمي هم از جهت اخلاقي، اين درس را ادامه بدهيد.» مرجعيت با اين که ايشان فقيهي شناخته شده‌اند و بيش از سي سال است که اشتغال به تدريس خارج فقه و اصول دارند؛ ولي هماره از پذيرش مرجعيت سرباز زده‌اند. آيت الله مصباح درباره علت پذيرش مرجعيت از سوي ايشان و نيز پيرامون عدم تغيير وضعيت آيت الله بهجت بعد از مرجعيت مي‌گويد:«بعد از مرجعيت، منزل آيت الله بهجت هيچ تغييري نکرده است، ملاقات و پذيرايي از بازديدکنندگان در منزل امکان ندارد؛ لذا در اعياد و ايام سوگواري، در مسجد فاطميه از ملاقات کنندگان پذيرايي مي‌شود. اصولاً قبول مرجعيت ايشان به نظر من يکي از کرامات ايشان است، يعني شرايط زندگي ايشان آن هم در سن هشتاد سالگي به هيچ وجه ايجاب نمي‌کرد که زير بار چنين مسؤوليتي برود و کساني که با ايشان آشنايي داشتند هيچ وقت حدس نمي‌زدند که امکان داشته باشد آقا يک وقتي حاضر بشوند پرچم مرجعيت را به دوش بکشند و مسؤوليتش را قبول بکنند. بدون شک جز احساس يک وظيفه متعين چيزي باعث نشد که ايشان اين مسؤوليت را بپذيرند. بايد گفت که رفتار ايشان در اين زمان با اين وارستگي و پارسايي، حجت را بر ديگران تمام مي‌کند که مي‌شود در عين مرجعيت با سادگي زندگي کرد، بدون اين که تغييري در لباس، خوراک، مسکن، خانه و شرايط زندگي پيش بيايد.» تا اين که بعد از رحلت مرحوم آقاي سيد احمد خوانساري(ره) جلد اول و دوم کتاب«ذخيره العباد» (جامع المسائل کنوني) را به قلم خود تصحيح و در اختيار خواص گذاشتند، و پيش از رحلت مرجع عالي قدر، حضرت آيت الله اراکي(ره) اجازه نشر رساله عمليه خويش را دادند، سرانجام وقتي جامعه مدرسين با انتشار اطلاعيه‌اي هفت نفر از آن جمله حضرت آيت الله بهجت را به عنوان مرجع تقليد معرفي کرد و عده‌اي از علماي ديگر از جمله آيت الله مشکيني و آيت الله جوادي آملي و... مرجعيت ايشان را اعلام کردند، به دنبال درخواست‌هاي مصرانه و مکرر راضي شدند تا رساله عمليه ايشان در تيراژ وسيع به چاپ برسد، با اين حال از نوشتن نام خويش بر روي جلد کتاب دريغ ورزيدند. در همين ارتباط يکي از نزديکان ايشان مي‌گويد: ايشان پيش از درگذشت حضرت آيت الله اراکي، چون مطلع شدند جامعه مدرسين نظر به معرفي ايشان را دارند، پيغام دادند که راضي نيستم اسمي از بنده برده شود. پس از رحلت آيت الله اراکي و پيام جامعه مدرسين و اطلاع از انتشار اسمشان فرمودند:«فتاواي بنده را در اختيار کسي قرار ندهيد. از ايشان توضيح خواسته شد فرمودند: صبر کنيد، همه رساله خود را نشر دهند، بعدها اگر کسي ماند و از ديگران تقليد نکرد و فقط خواست از ما تقليد کند آن وقت فتاوا را منتشر کنيد.» چندين ماه پس از اين رخداد رساله ايشان از سوي بعضي از اهل لبنان به چاپ رسيد. آثار مکتوب حضرت آيت الله بهجت داراي تأليفات متعددي در فقه و اصول هستند که خود براي چاپ اکثر آنها اقدام نکرده‌اند و گاه به کساني که مي‌خواهند آنها را حتي با غير وجوه شرعيه چاپ کنند، اجازه نمي‌دهند و مي‌فرمايند: هنوز بسياري از کتاب‌هاي علماي بزرگ سال‌ها است که به گونه خطي مانده است، آنها را چاپ کنيد نوبت اينها دير نشده است.