برخي از آثار اين عالم عارف عبارتند از يک دوره کامل اصول، حاشيه بر مکاسب شيخ انصارى (ره) و تکميل آن تا پايان مباحث مربوط به مکاسب و متاجر، دوره کامل طهارت، دوره کامل کتاب صلاه، دوره کامل کتاب زکات، دوره کامل کتاب خمس و حج، حاشيه بر کتاب ذخيره العباد مرحوم شيخ محمد حسين غروى، چندين مجلد تقريباً يک دوره فقه فارسى، حاشيه بر مناسک شيخ انصارى (ره) و...
فهرست عمده تأليفات ايشان که برخي نيز با اصرار و پشتکاري برخي از شاگردانشان به چاپ رسيده، عبارتند از:
آثار منتشر شده
1. رساله توضيح المسائل(فارسي و عربي)،
2. مناسک حجّ،
دو کتاب ياد شده از سوي برخي از فضلا بر اساس فتاواي ايشان تأليف و پس از تأييد آقا به چاپ رسيده است.
3. وسيله النجاه،
اين کتاب دربردارنده نظرات فقهي ايشان در بيشتر ابواب فقه است که در متن وسيله النجاه حضرت آيت الله سيد ابوالحسن اصفهاني(ره) گنجانده شده و نهايتاً جلد نخست آن با تأييد ايشان به چاپ رسيده است.
4. جامع المسائل.
اين کتاب مجموعه حواشي ايشان بر کتاب«ذخيره العباد» استادش حضرت آيت الله محمد حسين غروي اصفهاني، و نيز تکميل آن تا آخر فقه است، که قسمت‌هايي از آن ابتدا با نام«ذخيره العباد» با حروفچيني نه چندان زيبا و در تعداد نسخه‌اندک در اختيار برخي از شاگردان و خواصّ ايشان قرار گرفت، و بعداً جلد اول از اين مجموعه که قرار است در پنج مجلد به چاپ برسد، به سبب کثرت فروع فقهي که از سوي حضرت آيت الله بهجت بر اصل کتاب افزوده شده و جامعيت آن«جامعُ المسائل» نام گرفته که به همت برخي از شاگردان ايشان به چاپ رسيد.
تأليفات آماده چاپ و نشر
1. جلد اول از کتاب صلوه،
آيت الله بهجت در اين کتاب با سبکي ويژه و تلخيص مطالب به ترتيب مباحث «جواهر الکلام» به بيان نظريات نو و ابتکاري خويش پرداخته‌اند.
2. جلد اول از دوره اصول،
اين کتاب تقريبا" به ترتيب « کفايه الاصول» نگارش يافته است، و بارها توسط ايشان مورد مداقّه و تجديد نظر قرار گرفته، و نظرياتي نو در بسياري از مباحث اصول را در بردارد.
3. تعليقه بر مناسک شيخ انصاري،
اين کتاب در بردارنده نظرات ايشان درباره مناسک حجّ است.
آثاري که چاپ و منتشر نشده است
1. بقيه مجلّدات دوره اصول،
2. حاشيه بر مکاسب شيخ انصاري،
که به ترتيب مکاسب شيخ انصاري(ره) از اول تا انجام، و پس از اتمام آن ادامه مباحثي که در مکاسب مطرح نشده بر اساس متن«شرايع الاسلام» نگارش يافته است، ايشان در اين دوره از مباحث فقهي نظرات جديدي را ارائه داده‌اند.
3. دوره طهارت،
در اين کتاب نيز آيت الله بهجت بسان دوره«کتاب الصلوه» به ترتيب مباحث«جواهر الکلام» با تلخيص و نوآوري نظرات خويش را مطرح کرده‌اند.
4. بقيه مجلّدات دوره کتاب الصلوه.
همچنين ايشان در تأليف«سفينه البحار» با مرحوم حاج شيخ عباس قمي(ره) همکاري داشته‌اند و قسمت زيادي از سفينه البحار خطي، به خط ايشان نوشته شده است.
شاگردان
با توجه به اين که ايشان به سبب شهرت گريزي عمدتاً در منزل خود تدريس مي‌کردند، با وجود اين افراد بسياري از محضر آن جناب استفاده کرده و مي‌کنند. که برخي از آنان خود صاحب رساله و فتوا هستند.
اينک نام برخي از شاگردان را با حذف القاب ذکر مي‌کنيم:
آیت الله مصباح یزدی در کنار استاد آیت الله بهجت
1. محمد تقي مصباح يزدي،
2. عبدالمجيد رشيد پور،
3. سيد مهدي روحاني،
4. علي پهلواني تهراني،
5. مختار امينيان،
6. محمدهادي فقهي،
7. هادي قدس،
8. محمود امجد،
9. محمد ايماني،
10. محمد حسن احمدي فقيه يزدي،
11. محمد حسين احمدي فقيه يزدي،
12. مسعودي خميني،
13. سيد رضا خسروشاهي،
14. حسن لاهوتي،
15. عزيز علياري،
16. سيد محمد مؤمني،
17. حسين مفيدي،
18. جواد محمد زاده تهراني،
19. سيد صابر مازندراني،
20. شهيد نمازي شيرازي
------------------
در محضر عارفان
@aflaakyaan