۶) حل مشکلات علمی آن عارف وارسته (ملا حسینقلی همدانی) در حل مشکلات و معضلات علمی از خداوند متعال مدد می‌جست و شاگردانش را به این شیوه توصیه می‌کرد. میرزا جواد آقا ملکی در این مورد می‌فرماید: «استادمان - ملا حسینقلی همدانی - به ما توصیه می‌فرمود که وقتی در مسائل علمی متحیر شدید و برایتان مشکلی پیش آمد، به خداوند ملتجی شده و به پیشگاه حضرتش تضرع نمایید و این برای ما به تجربه ثابت شده است.» ایشان در توضیح این مطلب می‌گوید: «سرّ اینکه تهجد و دعا، از اسباب تحصیل علم است، بدین علت می‌باشد؛ همان‌طور که در روایات بسیاری تصریح شده علم به کثرت تعلم نیست، بلکه نوری است که خداوند تعالی در قلب هر آن کس که بخواهد می‌افکند و تهجد نیز قلب را نورانی می‌گرداند و نور را در قلب مؤمن ثابت می نماید. ۷) وفات ملاحسینقلی در سفر زیارتی به کربلا در ۲۸ شعبان ۱۳۱۱ درگذشت و وی را در ایوان حجرۀ چهارم از صحن شریف دفن کردند. (تذکرة المتقین، ص۱۹۰)