ندارد و بگوید: «آثار و افعال عالَم کلی در جهان جزوی آیند و باز از جهان جزوی به عالم کلی باز گردند، مانند حیات و ادراک و آگهی و دیگر آثار و نشانها، بر صدق چنین بازگشتِ گفتار جز گمان و خیال گواهی ندهد؛ بازگشتِ که و چه ؟ از کجا بازِ کجا؟ گذرگاه آینده و آمده را که بر بست تا از آمدن بس کند و باز پس گردد؟» (همان ،ج 1، ص 251). آنگاه می گوید: «از حیّز کلّیِ بیکرانِ نامحدود (عالم معقول و مبدعات ) بر حیّز محدودِ جزوی مُقَدَّر (عالم جسمانی ) آثار نامتناهی و بی کران ، به توالی و ترتیب ، صور و اشکال هَیَآت و حرکات ، بر اندازۀ گنجایش حیّز و مکان محدود و مقدّرِ اجسام می رسد و نهایت گنجایی و غایت وسعت این حیّز مقدّر و محدود در جسم انسان است ». یعنی صور نوعیّه و هیأتها و اشکال عالم از آن جهان معقول است (به گفتۀ افلاطون : عالم مثال ) و در این جهان چون جسمانی است طبعاً محدود متناهی و مقدّر (به اندازه ) است و چون در انسان از هر نوعی از انواع نمونه ای هست ، پس وجود او نهایت گنجایی و وسعت انواع و صور نوعی است . اما وقتی فرا می رسد که «ازدحام وصولِ این صور و اشکال از اندازه و حدّ اجسام بر گذرد»، در آن هنگام «جسم مقدّر از تحمّل آن عاجز آید و هم آثار عقل و هم آثار حیات و هم آثار نمو از او سترده شوند و بر وی جز آثارِ طبیعت نماند» (همان ،ج 1، ص 252).
پس مرگ انسان در نظر باباافضل وقتی است که جسم او تاب تحمّل صور و اشکال آن عالم را نداشته باشد. بعد می گوید: «و غرض از این گفتار آنکه تا گمان نیفتد که از اجسام شخصی و جزوی از این عالم هیچ به عالَمِ کلّی بازتوان برد یا از عالم کلی ، بیرون از این آثار و صور، که چون شعاعات بر جزویّات تافته اند، هیچ چیز جدا تواند شد و به عالم جسمانی نقل کردن . و چون از آن جهان بدین جهان نتوان آمد از این جهان نیز بدان جهان باز نتوان گشت » (همان ، ج 1، ص 252ـ253).
پس باباافضل معتقد نیست که نفوس یا ارواح جزئی در صورت کمال خود از آن جهان آمده باشند، بلکه چنانکه از بعضی مطالبِ رساله های دیگرش برمی آید معتقد است که نفس انسانی فقط به صورت قوّه و مایه در انسان است و بعد به سوی کمال می رود: «مردم (انسان ) را دو روی است : یکی رویِ جسمانی و گذرنده و یکی رویِ پاینده و ازلیِ نفسانی از پیوندِ پرورندۀ خود زندگی یاب » (همان ،ج 1، ص 303). آغازِ تن وی جسم مطلق است ، بعد جسم مرکّب ، بعد جسد نباتی ، بعد جسد حیوانی ، بعد جسد انسانی (همان ، ج 1، ص 303ـ 304). این آغازِ «مَنِ جسمانی » است ، امّا آغاز «مَنِ نفسانی » آن است که تا به جسمِ مفرد پیوسته است طبع است ، بعد مِزاج است ، بعد نفسِ روینده (نفس نامیه ) است ، بعد نفس حیوانی و انسانی و پس از آن عقل عملی و نفس فاکره و نفس حافظه و نفس گویا (نفس ناطقه ) است و چون به حق تعالی رسد از روی شناخت و دانش آن را روح مقدّس خوانند (همان ، ج 1، ص 304). پس جسم و نفس در اصل یکی هستند و «تفاوت و اختلاف از انگیختن صفات است » چنانکه گویی «جسم گوهری است جنبش پذیر و نفس گوهری است جنباننده » پس «از روی گوهر و ذات هر دو یکی اند». بلی «در وی دویی پدید آید» امّا «سرانجام آن دویی برخیزد که پیوند اصلی است و اختلاف و جدایی فرعی » و نفس از راه دانایی «به گوهر باز رسد در درجات نفسانی » و آن «جهان دانایی است ».
باباافضل خِرَدْ را غیر از تن و جان می داند و آن را موجودی مستقل از آن دو می شمرد: «خرد نه تن است و نه جان که اگر خرد تن بودی همة تنها خردمند بودی و اگر خرد جان بودی هر جانور خردمند بودی » (همان ،ج 2، ص 604ـ605)؛ و نیز «خرد همۀ اشیاء را می داند و آن که همۀ اشیاء را بداند غیر از آن اشیاء است و تن هم یکی از این اشیاء است »، و قوای بدنی از نامیه و غاذیه و حواس و قوای محرّکه و خیال و گمان ، فروغ تابش خردند... و پیوند خرد با هر چه جز خرد است به دانستن خرد است آن چیز را که با دانستن آن بر آن محیط شود (همان ،ج 2،605).
مقصود باباافضل از «خرد» آن موجودی است که به اشیا و به افعال و حرکات و نیز به قوای نفس عالم است ، پس خرد غیر از نفس است . به عبارت دیگر، در نظر باباافضل ، «خود» یا «نفس » مجموع قوای حس و خیال و گمان و حفظ و غیر آن است ، اما چیز دیگری هم هست که با علم به اینها و آگاهی از آنها بر همه محیط است و آن خرد است . در نفس انسان اموری هست که با هم مباین و مخالف است مانند غم و شادی و درد و رنج ، و خرد این امور مخالف را درمی یابد. پس خرد مخالف و ضد ندارد، زیرا چیزی بیرون از خرد نیست که او از آن آگاه نباشد. از این رو خرد هم بر تن و هم بر جان محیط و مسلّط است و چون ضدّ و مخالف ندارد تباهی نمی پذیرد، زیرا فساد و تباهی به اشیاء از امور مباین و مخالف آنها راه می یابد. پس خرد باقی و پایدار است (همان ، ج 2، ص 605ـ607).