حبیب بن مظاهر در حدود یک سال قبل از بعثت پیغمبر اسلام صلیالله علیه و آله به دنیا آمد. وقتی او به دنیا آمد، نبی مکرم اسلام تقریباً 39 سال داشتند. به این ترتیب بود که حبیب بن مظاهر توفیق پیدا کرد نزدیک به 24 سال در برههای از تاریخ زندگی کند که دوران حیات پیغمبر اکرم صلیالله علیه و آله بود.
پدرش، مظاهر بن رئاب، یکی از بزرگان و افراد شناخته شده و معتمد در بین مردم بود. حبیب در سرزمین یمن و در طایفه بنی اسد به دنیا آمده بود، یعنی طایفهای که نام مردان و زنانش به شرافت ثبت شده است. بعد از آن در دوران نوجوانیاش بود که همراه خانواده به مدینه آمد و در آنجا ساکن شد. به این صورت بود که از همان دوران جوانی با اصول و معارف دین اسلام آشنا شد و زندگی، از او مردی ساخت که در زمینه علم، دانش، تقوا، پاکدامنی، زهد و دفاع از مقام امامت و ولایت مشهور عالم شده بود.
خانواده حبیب بن مظاهر در دهسالگی او به مدینه النبی آمدند و در شهری که پیغمبر اکرم صلیالله علیه و آله زندگی میکردند، ساکن شدند.