محل به خاک سپاری حبیب بن مظاهر پس از پایان جنگ و هنگامی که قبیله بنی اسد اقدام به خاکسپاری شهدای کربلا کردند، جسد بدون سر حبیب که از بزرگان آن‌ها بوده را در ده متری قبر مطهر امام حسین علیه السلام به صورت جداگانه مدفون کردند. سال‌ها بعد مرقد حبیب بن مظاهر در داخل حرم امام حسین علیه السلام قرار گرفته و اکنون محل آن در رواق جنوبی حرم است. همچنین سر او در کنار سر علی اکبر و سر عباس بن علی در آرامگاه "باب الصغیر" در سوریه به خاک سپرده شد.