در حوزه علميه نجف کمتر ديده شده بود که يک مرجع تقليد تفسير قرآن بگويد آن هم به جاي درس خارج فقه، که اين بيشتر مايه تعجب ديگران مي شد. به طوري که برخي از شاگردان او، در اين باره از وي سوال کردند او جواب داد: «براي من تدريس و تأليف و تحقيق، صورت حرفه و هدف در زندگي ندارد، بلکه اداي وظيفه شرعي به هر نحو ممکن براي من از همه چيز مهم تر است. امروز در اين برهه از تاريخ اسلام و مسلمين، که انقلاب اسلامي ايران به رهبري امام خميني پيروز شده و پوزه قدرتهاي شيطاني شرق و غرب را به خاک ماليده و امت اسلام را در سرتاسر دنيا بيدار کرده است، من وظيفه خود مي دانم که با تفسير قرآن، افکار مردم مسلمان عراق را آگاه و آرمانهاي انقلابي اسلام را مطرح نمايم و با بيان مفاهيم شورآفرين، حماسي و اجتماعي قرآن کريم، دلها را براي پيوستن به انقلاب اسلامي ايران آماده کنم...... از طرفي، درس خارج فقه و اصول، بيش از حد لازم در حوزه گفته مي شود، اما جاي تفسير قرآن سخت خالي است!» درس تفسير قرآن جنب و جوشي در ميان توده مردم به وجود آورده بود. حکومت صدام از اين پديده خجسته اسلامي، به وحشت افتاد و براي جلوگيري از هر گونه تحرک، در يک حمله همه جانبه همه نمايندگان آيت الله صدر را در تمام شهرهاي کشور دستگير و زنداني کرد. شهيد صدر روز 16 رجب 1399 را روز اعتراض و اظهار انزجار از اعمال ظالمانه رژيم اعلام کرد. مردم به اطاعت رهبر و مرجع تقليد خود برخاستند، دست از کارهاي خود کشيدند، بازارها را تعطيل کردند و براي بيعت با رهبرشان به خانه او شتافتند... همان شب آيت الله صدر دستگير و روانه بغداد شد. در سازمان امنيت بغداد، از او خواستند که دست از پشتيباني انقلاب اسلامي بردارد و مردم عراق را تحريک نکند. اما شجاعانه جواب داد. «من يک مسلمانم و در برابر سرنوشت همه مسلمانان جهان _ و نه تنها عراق و ايران _ مسئولم بايد به وظيفه شرعي خود عمل کنم و وظيفه شرعي منحصر به ايران و عراق نيست. حمايت از انقلاب اسلامي ايران و رهبري آن هم، يک وظيفه شرعي است!» همان روز بنت الهدي، به ايراد يک سخنراني در حرم امام علي (ع) پرداخت و از مردم خواست که به خيابانها بريزند و در مقابل دستگيري آيت الله صدر، به رژيم بعثي اعتراض کنند. همينگونه نيز شد و رژيم براي ايجاد آرامش و جلوگيري از گسترش اعتراض مردم، مجبور شد که آيت الله صدر را آزاد کند