اما این همه ماجرای اعتراض به نویسنده این کتاب سخیف و موهن نبود. امام خمینی رحمةالله علیه در ۲۵ بهمن ۱۳۶۷ بی آنکه نامی از نویسنده «آیات شیطانی» ببرند، فتوای ارتداد و اعدام سلمان رشدی و ناشران مطلع از آن را صادر فرمودند: «مولف کتاب آیات شیطانی که علیه اسلام و پیامبر و قرآن تنظیم و چاپ و منتشر شده است، همچنین ناشرین مطلع از محتوای آن محکوم به اعدام می باشند». در پیام امام(ره) همچنین تاکید شده بود: «از مسلمانان غیور می خواهم تا در هر نقطه که آنان را یافتند، سریعا آن ها را اعدام نمایند تا دیگر کسی جرأت نکند به مقدسات مسلمین توهین نماید و هر کس در این راه کشته شود شهید است ان شاءالله». صدور فتوای اعدام سلمان رشدی، زندگی او را وارونه ساخت و با اعلام آمادگی مسلمانان نقاط مختلف جهان، وزارت کشور انگلستان مسئولیت حفاظت از جان سلمان رشدی را بر عهده گرفت.