مهدی باکری در ۳۰ فروردین ۱۳۳۳ در میاندوآب و در خانواده‌ای مذهبی زاده شد.
او و دوستانش نقش مهمی در برپایی تظاهرات شهر تبریز در ۱۵ خرداد ۱۳۵۴ و ۱۳۵۵ داشتند.
با وقوع انقلاب مهدی باکری نقش فعالی در سازماندهی بخشی از نیروهای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی داشت. وی برای مدتی نیز شهردار ارومیه بود و دوره کوتاهی نیز دادستان دادگاه انقلاب ارومیه بود. او همزمان با فعالیت در سپاه، مسئولیت شهرداری ارومیه را نیز بر عهده داشت.
مهدی باکری در مدت کوتاهی مدارج ترقی را در سپاه پاسداران طی کرد. در عملیات فتح المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف حضوری فعال داشت. در همان عملیات از ناحیه چشم مجروح شد. پس از بهبود به جبهه بازگشت و در عملیات‌هایی چون عملیات بیت‌المقدس، رمضان، مسلم بن عقیل، والفجر مقدماتی، والفجر ۱ تا چهار و عملیات خیبر در سمت‌های مختلف فرماندهی شرکت کرد. در مجموعه عملیات‌های والفجر با عنوان فرمانده لشکر عاشورا فعالیت می‌کرد.
در خلال انجام عملیات خیبر، به مهدی باکری خبر داده شد که برادرش حمید باکری در صحنه نبرد کشته شده‌است و می‌خواهند برای بازگرداندن پیکر او گروهی را اعزام نمایند، اما وی ممانعت می‌کند و از پشت بی‌سیم این جمله را به زبان می‌آورد:
همهٔ آن‌ها برادرای من هستند اگر تونستید همه را برگردونید حمید را هم بیاورید.
باکری در عملیات‌های فتح‌المبین، بیت‌المقدس، رمضان،مسلم بن عقیل، والفجر مقدماتی، والفجر ۱، ۲، ۳ و ۴، همچنین عملیات خیبر حضوری فعال داشت و در خلال عملیات بدر در روستای حریبه، بر اثر اصابت تیر مستقیم، کشته شد و پیکرش در اروندرود مفقود شد