قسمت اندرونی خانه شامل اتاق پنج دری ساده در مرکز و دو حیاط در دو طرف آن و دارای سردابهایی که بادگیر‌ها هوا را در آن جریان می‌دهند که این قسمت محل سکونت خانواده طباطبایی بوده‌است. حیاط ضلع شمال غربی بزرگتر و تعداد اتاق‌های آن بیشتر و دارای سرسرای پذیرایی مجزایی است. در زیر قسمت اندرونی مخصوصاً اتاق مرکزی، سرداب بزرگی قرار دارد که دارای مشخصات منحصربه‌فرد خود است و به علل مختلفی مانند وجود بادگیر، سقف ضربی، نوع مصالح به کار رفته در بدنه، دو جداره بودن بدنه، وجود حوضی که قبلاً در مرکز سرداب بوده، اختلاف ارتفاع با سطح کوچه حدود ۸ تا ۱۰ متر و نسیم خنکی که از سطح حوض حیاط مرکزی وارد زیر زمین می‌شود، باعث شده‌است تا به خصوص در فصل تابستان ۱۵ تا۲۰ درجه اختلاف دما بین زیرزمین و بیرون آن مشاهده شود.