آمنه بیگم عمری بلند داشت و در اصفهان درگذشت. مدفنش درمسجد جامع اصفهان نزدیک مدفن پدر و پدربزرگش است سال درگذشت او نیز مشخص نیست و در کتب تراجم نیامده است. برخی کتب به اشتباه و گویا با استناد به یکدیگر، محل دفن او را در تخت فولاد اصفهان نوشته و عنوان کرده‌اند که بعضی از اشعار آمنه بیگم نیز بر روی قبرش نوشته شده‌است. سید مصلح الدین مهدوی، که در باب خاندان مجلسی جستجوهای بسیاری انجام داده‌است می‌نویسد «در تخت فولاد، قبر صاحب عنوان (آمنه بیگم) معروف نیست بلکه مظنون آن است که قبر مشارٌ‌الیها و خواهران‌شان در بقعه، یا حوالی مجلسی در جنب مسجد جامع اصفهان است». بنابراین مدفن آمنه و خواهرانش به احتمال زیاد در بقعه پدرشان محمدتقی مجلسی و محل آرامگاه کنونی محمدباقر مجلسی است. در قسمت شمال غربی بقعه علامه مجلسی، تا چند سال پیش آثار قبر چند زن وجود داشت که یکی از آنها مشهور به آمنه بیگم بود ولی در تعمیرات اخیر اطراف بقعه، آثار آنها از بین رفت