در کشور سه شورای مهم در سطح عالی وجود دارد شورای عالی امنیت ملی و مجمع تشخیص مصلحت نظام و شورای راهبردی روابط خارجی، آقای جلیلی از سال ۱۳۸۷ به عنوان نماینده رهبر معظم انقلاب در این شوراها حضور دارد در طول این سالها، سه دولت احمدی نژاد، روحانی و رئیسی بر سرکار بوده اند و در مقاطعی مثل دوره آقای روحانی تمایلی به حضور جلیلی نداشتند و حتی حذفش کردند ولی باز رهبر معظم انقلاب ایشان را به عنوان نماینده خود منصوب کردند.
۱۶ سال حضور در مهمترین شوراهای کشور تجربه کمی نیست، خیلی ها دوست داشتند با توجه به تجارب بالایی که در سطح ملی دارند جای ایشان نماینده رهبری باشند ولی رهبر معظم انقلاب اعتمادش به آقای جلیلی بیش از این بزرگان بود.