تشییع و تدفین شهید محمد هادی ذوالفقاری خبر پیدا شدن پیکر هادی درست زمانی پخش شد که قرار بود در شب جمعه، یعنی شب اول ایام فاطمیه در مسجد موسی ابن جعفر(ع) تهران برای او مراسم برگزار شود،همزمان با مراسم، اعلام شد برای شهید هادی ذوالفقاری چهار مراسم تشییع برگزار شده! شهید هادی وصیت کرده بود پیکرش را در سامرا، کاظمین، کربلا و نجف طواف دهند. این وصیت بعید بود اجرا شود. چرا که عراقی‌ها شهدای خود را فقط به یکی از حرمین می‌برند و بعد دفن می کنند؛اما در مورد هادی باز هم شرایط تغییر کرد، ابتدا پیکر او را به سامرا و بعد به کاظمین بردند. سپس در کربلا و بین الحرمین پیکر او تشییع شد. بعد هم به نجف بردند و مراسم اصلی برگزار شد.در تمام حرم ها نیز برایش نماز خواندند! پرچم زیبای ایران نیز بر روی پیکر این شهید، حرف های زیادی با خود داشت. این که مردم ما، برادران شیعه خود را رها نمی کنند. تشییع هادی در نجف بسیار باشکوه بود. چنین جمعیتی حتی در تشییع علما و فرماندهان دیده نشده بود. مرحوم آیت‌الله آصفی (نماینده مقام معظم رهبری ) هم در نجف بر پیکر هادی نماز خواند. در آخر هم تمام جمعیتی که برای تشییع پیکر هادی آمده بودند برای تدفین به سمت وادی‌السلام رفتند.می‌گویند عراقی‌ها در نجف برای شهدای خودشان تشییع خوبی در حرم‌ها راه‌ می‌اندازند، ولی بعد از آن که می‌خواهند شهید را دفن کنند، همه می‌روند و فقط چند نفر می‌مانند. ولی در تشییع پیکر هادی همه چیز فرق کرد. صدها نفر وارد وادی السلام شدند. خود عراقی‌ها هم از شرکت چنین جمعیتی در مراسم تدفین شهید تعجب کرده بودند و می‌گفتند این شهید استثنایی است. اما نکته دیگر اینکه قطعه شهدای عراق در نجف، از حرم حضرت امیر(ع) فاصله بسیاری دارد اما مزار هادی به حرم حضرت علی(ع) بسیار نزدیک است. این قبر متعلق به یکی از دوستان هادی بود که او هم قبر را برای مادرش در نظر داشت، اما هادی قبل از اعزام با او صحبت کرد. او هم مادرش را راضی نمود تا مزار را برای هادی قرار دهد. دست آخر درست در شب جمعه و شب اول فاطمیه، در همان مزار (کمی جلوتر از قبر علامه سیدعلی قاضی) به خاک سپرده شد. شهید ذوالفقاری وصیت‌های عجیبی برای تدفین داشت که عمل کردنش مشکل بود، اما به خواست خدا همه‌اش تحقق یافت. اما همه دوستان و آشنایان، بر این باورند که شاید علت این مفقودیت، ارادت ویژه شهید به حضرت زهرا(س) بوده. چون وقتی پیکر او با این تأخیر چند روزه پیدا شد، آغاز ایام فاطمیه بود. شبی که او به خاک سپرده شد، شب اول فاطمیه بود.دوستانش می‌گویند بعد از شهادت هادی وقتی به خانه‌اش رفتیم دیدیم حتی سجاده‌اش پهن بوده است. انگار که او بعد از نماز برای رفتن و جنگیدن به قدر سجاده جمع‌کردنی هم درنگ نکرده است.