دوران تحصیل دوران دبستان محمدحسین در مدرسه‌ شاهد واقع در خیابان آزادی تهران سپری شد. تحصیل در فضای آن دبستان باعث شد حال و هوای جبهه و شهادت در او زنده نگه‌داشته شود. تحصیلات راهنمایی‌اش را هم در یک مدرسه نمونه مردمی در محله مهرآباد گذراند. بعد از اتمام دوره راهنمایی، تصمیم گرفته بود به دبیرستان سپاه برود. آن زمان سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، دبیرستانی مخصوص داشت که در لانه جاسوسی سابق بود و هر سه رشته علوم انسانی، تجربی و ریاضی را داشت. تفاوت دبیرستان سپاه با بقیه مدارس این بود که دانش آموختگان این دبیرستان، جذب سپاه می‌شدند. محمدحسین هم عاشق سپاه بود و تصمیمش را برای تحصیل در این دبیرستان عملی کرد. اما در سالی که او فارغ التحصیل می‌شد، این قانون لغو شد و تحقق آرزوی محمدحسین برای پیوستن به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی چند سالی به تاخیر افتاد. کنکور، محمدخانی را به دانشگاه آزاد اسلامی یزد فرستاد. او کاردانی‌اش را در رشته عمران در این دانشگاه گرفت. در ترم دوم، خانه کوچکی در یزد اجاره کرد. خانه‌ای که به خاطر عشق او به سیدالشهدا(ع) تبدیل به حسینیه شد و با پرچم و کتیبه‌های «یا حسین(ع)» و «یا اباالفضل»، محلی برای برپایی هیئت شد. بعد از مدتی محمدحسین با چند تن از دوستان دانشجوی خود هیئت «علمدار حسین(ع)» را پایه‌گذاری کردند که برنامه‌هایش در خانه خودش برگزار می‌شد.