تولد و دوران کودکی شهید باکری مهدی باکری در ۳۰ فروردین ۱۳۳۳ شمسی در شهر میاندوآب واقع در جنوب دریاچه ارومیه در خانواده ای مذهبی و مومن متولد شد.   وی در همان کودکی اش مادرش (که زنی مؤمن و با خدا بود) بود را از دست داد. در ارومیه تحصیلات ابتدایی و دبیرستان را به پایان رساند و در دوران دبیرستان (همراه با شهادت برادرش علی باکری) وارد جریانات سیاسی شد.