آقا سید جواد ، پس از چند ماه نقاهت و ضعف در سن 93 سالگی به لقاءالله پیوست و پیکرش در دارالفیض حرم مطهر حضرت رضا(ع) دفن گردید. حضرت امام خمینی پس از مطلع شدن از رحلت این عالم بزرگوار، پیام تسلیتی را به شرح زیر منتشر کردند: جناب حجت‌الاسلام آقای حاج سید علی خامنه‌ای رییس‌جمهور محترم دامت افاضاته رحلت والد معظم جنابعالی که عمری با علم و تعهد و تقوا به سر بردند، موجب تأسف گردید. این مصیبت را به جنابعالی و اخوان محترم و خاندان جلیل تسلی گفته، سلامت و موفقیت آن جناب را از خدای تعالی مسئلت دارم. والسلام علیکم و رحمة‌الله 28 شوال المکرم 1406 روح‌الله الموسوی الخمینی (15 تیر 1365)