با اینکه یکی از رهبران یامابوشی ها تلاش کرد بین پیروان بودیسم و طرفداران شینتوایسم صلح برقرار کند، اما سرانجام این تلاش باعث هجوم جنگجویان دولتی برای سرکوب یاماباشی ها شد. همین امر باعث شد که یاماباشی ها و نینجاها به فنون رزمی و استراتژی های خود رجوع کنند و آن ها را تقویت کنند. با شروع دوران فئودال ژاپن در سال 1192 تعدادی طوایف نینجا به وجود آمدند و به چریک های حرفه ای و سری تبدیل شدند و در آخر اربابان ایـالات گوناگون  آن ها را استخدام می کردند. تعداد مكتبهای نینجا در سال های 1192 تا 1333 به 25 مکتب رسید. که در همین سال ها ایالت های کوگا و ایگا توسط نینجا ها اداره می شدند. از معروف ترین خانواده های نینجا می توان به موارد زیر اشاره کرد: هاتوری موموچی فوجی بایاشی عقاید و نظرهای گوناگونی در رابطه با پیدایش و شروع هنر رزمی نینجوتسو وجود دارد. که طبق تحقیقات به عمل آمده نیتجوتسو (نین جوتسو) با قدمت 800 ساله ریشه در قلب تاریخ ژاپن و چین دارد. اصول اولیه جنگجوی نینجوتسو اصول اولیه هنرجو در جهت پیروز شدن شامل موارد زیر است: روحی قوی قلبی آزاد هوشی سرشار روحیه مبارزه طلبی شرایط روحی عالی تمركز حواس نینجاها یک رهبر با نام جونین داشتند که سیستم و نظم مشخص و دقیقی را برای آن ها مدیریت می کرد. این سیستم دارای سلسله مراتبی بود که در ادامه به بخی از آن ها اشاره می کنیم: چونین: به كسانی گفته شد كه به نینجاها ماموریت می دادند. جینین: به طبقات پائین تر نینجاها كه ماموریت انجام می دادند گفته می شد. نکته: جینین ها هیچ وقت دستورات را از جونین ها به صورت مستقین دریافت نمی کردند. بلکه چونین ها به صورت واسطه بودند و دستورات جونین را می رساندند. نحوه ماموریت نینجوتسو نینجوتسوجینین ها برای انجام ماموریت از طریق رمز با هم در ارتباط بودند و اگر احیانا به دام می افتادند و اسیر می شدند به شدت مجازات می شدند تا اسرار آن ها را بفهمند، اما نینجاها با این امر واقف بوده و هیچ گاه این اسرار را فاش نمی کردند. بعضی از خانواده های نینجاها به علت جنگ های داخلی به قدرت نفوذ رسیدند در مناطق ایگا و كوگا ساکن شدند. در سال 1581 ادا ادا نبون اگا با ارتشی 46 هزار نفره به نبرد با نینجاها راهی شد که فقط 4 هزار نفر بودند. که عاقبت این نبرد کشته شدن و اسیر شدن بسیاری از نینجاها شد، مابقی نینجاها هم به کوه ها فرار کرده و با مردم کوهستان به تقویت فنون رزمی و استراتژی خود شدند. و این هنر و فنون رزمی را به بچه های خود منتقل می کردند. مهارت‌های لازم برای یادگیری نینجوتسو نینجوتسو برای هنرجویان آموزش های کاربردی در نظر گرفت، همچون: آموزش تکنیک های سریع رزمی آموزش دفاع شخصی آموزش نحوه مبارزه آموزش نحوه استفاده از سلاح همچنین نین جوتسوی علاوه بر آموزش های کاربردی فاکتورهایی را  هم در نظر گرفت که هر نینجایی باید آن ها را می آموخت. فاکتورهایی همچون: 1. روش راه رفتن با این روش ها یاد می گیرد که چطور راه برود 2. روش رفتار کردن نحوه رفتار کردن را یاد می گیرد و اینکه چه موقع حرف بزند و چه موقع سکوت کند. 3. روش خود درمانی برای زمانی که دچار آسیب شد یاد می گیرد که دکتر خود باشد و در مواقع ضروری خود را نجات دهد 4. شناخت کامل نقاط مختلف بدن یاد می گیرد که آناتومی بدن و نقاط حساس بدن خودش را بشناسد همچنین یاد می گیرد که چگونه فرار کند، چگونه در برابر یک حمله واکنش نشان دهد و از فکر خود چگونه بهترین استفاده را بکند. درجات نینجوتسو (ینجوتسو) نینجوتسو هم مانند هر هنر رزمی دیگر دارای سلسله مراتبی است که بر اساس آن مشخص می شود که سطح آموخته های هنرجو در چه اندازه ای است.در زیر درجات هنر رزمی نین جوتسوی را برای شما ذکر می کنیم، با ما همراه باشید. نینجوتسو یک ورزش آزاد و بدون محدودیت در انجام حرکات است، اما همانند کاراته و تکواندو دارای کمربند می باشد، با این تفاوت که در نین جوتسو، ملاک درجه بندی اول شماره کمربند و بعد رنگ کمربند می باشد. درجه بندی نینجوتسو به دو دسته دان و کیو تقسیم می شود که شامل ۱۰ کیو (Q)و ۱۵ دان است. هر هنرجو در صورت ارتقا از این درجه ها می بایست آزمونی را پشست سر بگذارد. درجات نینجوتسو:   Q10: کمربند سفید (مخصوص مبتدیان) Q9: کمربند زرد Q8: کمربند زرد Q7: کمربند بنفش Q6: کمربند بنفش Q5: کمربند بنفش Q4: کمربند سبز Q3: کمربند قرمز Q2: کمربند قهوه ایی Q1 : کمربند مشکی دان۱ دان۲ دان۳ دان۴ دان۵ دان۶ دان۷ دان۸ دان۹ دان۱۰ دان۱۱ دان۱۲ دان۱۳ دان۱۴ دان۱۵ پس از اینکه رزمی کاران کمربند مشکی را دریافت کردند می بایست برای رسیدن به دان هم تلاش کنند. همانطور که در بالا می بینید درجه بندی دان از 1 تا 15 می باشد و هرچقدر که بالاتر می رود مراحل سخت تره بوده و نیاز به تلاش بیشتر است. لقب‌ها و سلسله مراتب در نینجوتسو هنرجوی مبتدی آغازگر: شوشین شا  shoshinsha هنرجوی رسمی (سازمان