انتشار جلد سوم مؤسّس دانشنامه: حضرت آيةاللَّة العظمى جعفر (مدظلّه العالى). مدیر علمی دانشنامه: حضرت آیة‌الله علی (دامت بركاته). جلد سوم دانشنامه حاوی 65 مدخل اصلی و 172 مدخل ضمنی است، محور مباحث این جلد، به طور عمده پیرامون خداشناسی و صفات خدا، مباحثی حدیثی در باره امامت و جایگاه اهل بیت، پاره‌ای مباحث پیرامون هستی شناسی، معاد شناسی، برخی از مباحث منطقی، فلسفی مرتبط با علم کلام، و بحث‌هایی در باره برخی از فرقه‌هاست؛ عناوین مدخل‌های اصلی چاپ شده در جلد 3 به ترتیب الفبایی عبارتند از: تمیّز، تناسخ، توبه، توحید، توحید افعالی، توحید ذاتی، توحید صفاتی، توحید عبادی، تورات، توسل، ثنویت، ثواب و عقاب، جامعه (منبع علم امام)، جبر، جبريّه، جبرئيل (ع)، جدل، جده، جزء لایتجزّی، جسم، جعفریه، جفر (منبع علم امام، جنّ، جنب (صفت خبریه)، جود الهی، جوهر، جهان‌بینی، جهانی شدن، جهميّه، جهنم، جینیسم، حاکم (اسم الهی)، حال، حجّت، حدوث عالم، حدوث و قدم، حدیث اخوت، حدیث اصحابی کالنجوم، حدیث اقتدا، حدیث ‌الدار، حدیث امان، حدیث تشبیه، حديث ثقلين، حدیث خلفای راشدین، حدیث خیر البشر، حدیث خیرالقرون، حدیث دوازده جانشین، حدیث سدّالابواب، حدیث سفینه، حدیث سلسلة الذهب، حدیث سیدا شباب اهل الجنة، حدیث صدیق اکبر، حدیث علی مع الحق، حدیث غدیر، حدیث فاروق اعظم، حدیث کان الله و لم ‌یکن معه شئ، حدیث کساء، حدیث مدینة العلم، حديث من مات، حدیث منزلت، حدیث وصایت، حدیث یوم الخمیس، حركت، حرکت جوهری، حساب. یکی از ویژگی‌های ممتاز این مجلد، نگارش پرتعداد مداخل حدیثی پیرامون است.