سرانجام در تاریخ 29/10/1365 خبر شهادتش در عملیات کربلای ۵ توسط شهید آیت الله احسانبخش به خانواده وی داده شد و شهید سید محمد اسحاقی آنگونه که می‌خواست به معبود خود پیوست. اثر جراحت بسیار کوچکی در دو نقطه صورت وی یکی بر بالای پیشانی و در محل رستنگاه مو و دیگری در محل سینوس سمت چپ صورت وی وجود داشت. شهید سید محمد اسحاقی در رشت به همراه ۳۳ شهید دیگر تشییع شد و در اولین نماز جمعه بعد از تشییع، شهید آیت الله احسانبخش، نماینده وقت ولی فقیه در گیلان در خطبه‌های نماز جمعه از وی به عنوان نخبه سیاسی یادکرد.