هم‌دوره‌ای‌ها
آیت الله کمره‌ای از شاگردان ممتاز و فاضل حوزه درسی مرحوم آیت الله العظمی حاج شیخ عبدالکریم حائری (قدس‌سره) به شمار می رفت و مورد اعتماد و وثوق مؤسس حوزه علمیه قم بود.
ایشان در آن زمان با بزرگانی چون امام خمینی (رحمةالله‌علیه) هم‌دوره بود و اسفار ملاصدرا را با ایشان مباحثه و مذاکره علمی می کرد. هم‌چنین با مرحوم آیت الله العظمی مرعشی نجفی و آیت‌الله حاج آقا روح‌الله کمالوند خرم‌آبادی (قدس‌سرهما) در فقه و اصول و فلسفه و تفسیر، هم‌درس و هم‌مباحثه بودند.
در عرصه تفسیر
در دورانی که علم تفسیر در حوزه های علمیه کم‌رنگ بود، میرزا خلیل کمره‌ای به این امر مهم، همت گماشت و تعدادی از طلاب علوم دینی را گرد خود جمع کرده و به آنان تفسیر آیات وحی را آموزش می داد.
حضرت آیت‌الله علامه سیدمرتضی عسکری (رحمةالله‌علیه) در این‌باره می‌گوید:
در آن ایام در حوزه‌های علمیه، قرآن و حدیث آموخته نمی‌شد، لذا عده‌ای را با خود هم‌فکر کردم که از آن جمله، مرحوم طالقانی بودند و قرار شد درس تفسیر را وارد درس‌های حوزه کنیم. میرزا خلیل کمره‌ای نیز هر شب در مسجد امام حسن عسکری قم، به ما درس تفسیر می‌داد.