شهادت امام موسی کاظم(ع) واپسین روزهای عمر امام کاظم(ع) در زندان سندی بن شاهک سپری شد. شیخ مفید گفته است سندی، به دستور هارون الرشید امام را مسموم کرد و امام سه روز پس از آن به شهادت رسید. شهادت وی 25 رجب سال 183 هجری قمری در بغداد رخ داده است. درباره زمان و مکان شهادت امام کاظم (ع) نظرات دیگری هم وجود دارد. پس از آن‌که امام موسی بن جعفر(ع) به شهادت رسید، به دستور سِندی بن شاهک پیکر او را روی پل بغداد قرار دادند و اعلام کردند که موسی بن جعفر به مرگ طبیعی از دنیا رفته است. درباره چگونگی شهادت وی گزارش‌های متفاوتی وجود دارد؛ بیشتر تاریخ‌نویسان بر این باورند که یحیی بن خالد و سندی بن شاهک او را مسموم کرده‌اند. در گزارشی نیز گفته شده او را با پیچیدن در فرش، خفه کرده‌اند. برای قراردادن بدن امام کاظم(ع) در معرض دید عموم دو دلیل گفته شده: یکی اثبات این‌که او به مرگ طبیعی از دنیا رفته؛ دیگری باطل کردن باور کسانی که به مهدویت او اعتقاد داشته‌اند. پیکر امام موسی بن جعفر(ع) را در منطقه شونیزیه در مقبره خانوادگی منصور که به مقابر قریش شهرت داشت، دفن کردند. مدفن ایشان به حرم کاظمین مشهور است. گفته شده دلیل عباسیان برای این‌که بدن امام را در این مقبره دفن کردند، ترس از آن بود که مبادا مکان دفن امام موسی کاظم(ع) محل تجمع و حضور شیعیان شود.