در این بازه زمانی، نقش دستگاه دیپلماسی به عنوان تنظیم کننده روابط خارجی، مجری سیاست خارجی و نیز تبیین گر وقایع موجود و منتقل کننده دیدگاهها و مواضع جمهوری اسلامی ایران به طرفهای مختلف بسیار مهم بود. در این مقطع نقش سکاندار دستگاه دیپلماسی بسیار حائز اهمیت بود تا اولاً روابط خارجی را به خوبی مدیریت کند و روابط خارجی از ناحیه تحولات داخلی آسیب نبیند یا این آسیب حداقل باشد.
ثانیاً کشورهای مداخله کننده در امور داخلی ایران را مدیریت و مهار کند. دکتر امیرعبداللهیان با درکی که از توانایی، اقتدار و استقرار نظام داشت، با درکی که از ملت ایران و پایبندی ملت ایران به اصول و مبانی نظام داشت و با شناختی که از پیوند میان دولت، ملت و ایمانی که به نقش مدبرانه رهبری معظم داشت، یکی از بهترین روشهای مدیریت دیپلماتیک را در آن مقطع به کار بست. به رغم تندی و نسنجیده بودن ادبیات و مواضع رهبران برخی کشورهای اروپایی در آن مقطع و به رغم سیاستهای فتنهانگیزانه و سیاستهای مداخله جویانه آنها، دکتر امیرعبداللهیان در مدیریت این رفتارها بسیار دقیق، با صلابت و مهارت عمل کرد، هم روابط دو جانبه را حفظ کرد و مانع تقلیل سطح روابط و آسیب جدی به روابط خارجی جمهوری اسلامی ایران شد و هم در یک روند مدیریت دیپلماتیک مواضع، رفتار و ادبیات این کشورها را متعادل کرد. گفتگوهای منطقی توأم با صلابت امیرعبداللهیان در تماسهای دیپلماتیک، چه تلفنی و چه حضوری به ویژه در حاشیه برخی از نشستهای بینالمللی با مقامات این کشورها عملاً باعث تنظیم روابط خارجی و ورود کمترین آسیب به سطح روابط جمهوری اسلامی ایران با کشورهای مداخله گر و زیادهخواه شد.
امیرعبداللهیان ظرفیت سفارتخانهها و تیم دیپلماتیک ایران در کشورهای یادشده را که آن زمان تحت فشار سیاسی و روانی شدیدی نیز بودند، به خوبی به کار گرفت. او به عنوان رئیس دستگاه دیپلماسی و سکاندار سیاست خارجی کشور، واقعاً هم خودش مقتدرانه وسط میدان بود و هم ظرفیتهای دیپلماتیک را در مسیر تنظیم روابط خارجی و کاهش مداخلات خارجی در تحولات داخلی ایران به کار گرفت. به نظرم این دوره هم از مقاطعی است که شایسته یک مطالعه ویژه است که امیرعبداللهیان چگونه از هنر دیپلماتیک برای مدیریت روابط و تنظیم روابط خارجی استفاده کرد. سفر امیرعبداللهیان به ژنو در همان مقطع و شرکت در اجلاس شورای حقوق بشر سازمان ملل حائز اهمیت بسیار بود. خیلیها ایشان را از مشارکت و حضور نهی میکردند و انذار مشفقانه میدادند که شرکت نکنید. مثلاً میگفتند در طول ۱۰ سال گذشته ما در اجلاس شورای حقوق بشر در سطح وزیر شرکت نکردیم. با توجه به فضای حاکم و تبلیغات سنگینی که در خارج علیه ایران هست و احتمال اینکه بعضیها ممکن است در زمان سخنرانی شما جلسه را ترک کنند و برخی از معاندین و ضد انقلاب اطراف محل اجلاس یا محل اقامت تجمع کنند و شعار بدهند، با این استدلالها سعی میکردند آقای امیرعبداللهیان را ترغیب کنند که در این نشست شرکت نکند و دیپلمات دیگری در سطح پایینتر در این نشست حاضر شود. برای مخاطبان هم شاید جالب باشد که بدانند، شهید امیرعبداللهیان برای این موضوع هم در وزارت خارجه جلسات متعددی ترتیب داد و نظرات همه اعم از مخالفان تا موافقان را شنید. از جزئیات برنامههای آنجا به طور کامل کسب اطلاع و نهایتاً ایشان نظر خودش را به عنوان سکاندار دستگاه دیپلماسی مطرح کرد، با آقای رئیسجمهور مشورت کرد و تصمیم گرفت شخصاً در این اجلاس شرکت و سخنرانی کند. چون من هم در آن نشست در ترکیب هیئت همراه حضور داشتم، میتوانم به جرئت بگویم که یکی از موفقترین سفرهای دیپلماتیک دکتر امیرعبداللهیان در یک مقطع زمانی کاملاً حساس، سفر ایشان به ژنو برای شرکت در جلسه شورای حقوق بشر سازمان ملل متحد بود و سخنرانی کاملاً منطقی و قوی در آن نشست داشت. ایشان دو سخنرانی داشت، چون بلافاصله بعد از جلسه شورای حقوق بشر، جلسه سالانه کنفرانس خلع سلاح برگزار شد. حضور در دو جلسه مهم و سخنرانی در آنها و دیدارهای دیپلماتیک با همتایان خارجی که خود تبدیل به قدرت نمایی دیپلماتیک رئیس دستگاه دیپلماسی جمهوری اسلامی ایران در یکی از حساسترین شرایط دیپلماتیک ما در خارج از کشور بود، علاوه بر دستاوردهای دیپلماتیک، تأثیرات بسزایی در وضعیت داخلی کشور داشت و به عبارتی ایشان در آن مقطع، اقتدار کشور را به نمایش گذاشت و حتی سه نفر از وزرای خارجه کشورهای اروپایی برای گفتگو به محل اقامت و اتاق ملاقات وزیر ما آمدند و این گویای آن بود که جمهوری اسلامی ایران در حوزه بینالمللی مقهور فشار و جنگ روانی نشده و دکتر امیرعبداللهیان با مدیریت مقتدرانه و حکیمانه موازنه میدان دیپلماسی را به نفع کشورمان تغییر داده است.