علیه السلام  در روز 25 رجب سال ۱۸۳ هجری قمری بنابر مشهور عليهما السّلام، در حبس به شهادت رسيدند. که با 12 شهریور سال 178 هجری شمسی مطابق بوده است.  براى حبس و دستگیری، حضرت موسى بن جعفر عليهماالسّلام را از مدينه به بغداد به اجبار آورد.  آن حضرت ۲۰ سال داشتند كه امامت به ايشان منتقل شد و مدت ۳۵ سال امامت فرمودند. وقتی خلافت به  رسيد امام عليه السّلام را از زندانى به  ديگر فرستاد، تا در سال چهاردهم خلافتش آن حضرت را در سن ۵۵ سالگى به  جفا شهيد كرد. پس از شهادت بدن شريف حضرت را طبق دستور هارون بر روى نردبانى گذاردند و چهار  بر دوش گرفتند، و كسى جلوى پیکر مقدسش صدا مى زد: «اين امام رافضيان است». اما جریان زندانی شدن حضرت چه بود؟ غیر از بحث خباثت و دشمنی  که علیه السلام را 14 سال در زندان های مختلف گرفتار نمودند. در روایات ما دلیل دیگری هم بیان شده و آن هم گناهی از جانب خود  آن زمان بوده است.  میفرماید که آنان ترک تقیه نمودند و امر امامت را بر همگان آشکار کردند به نحوی که هارون از این موضوع به ترس افتاد و قصد کشتن شیعیان یا امام شیعیان را داشت. و همینطور در تبعیت از امام،  و  نبودند و امر امام را اطاعت نمیکردند و اینطور شد که خداوند بر شیعیان غضب کرد و از طرف دیگر دشمن به آنان بسیار حساس شده بود و میخواست بلای عظیمی بر سر شیعه بیاورد.  علیهماالسلام میفرمایند: إن الله عز و جل غضب علي الشيعة فخيرني نفسي أو هم فوقيتهم و الله بنفسي به راستى خدا عزوجل بر شیعه غضب کرد و مرا مخیر کرد که یا خودم فدا شوم یا شیعیانم، بخدا قسم که من با دادن جانم آنها را حفظ کردم. عالم به فدای آقایی که چهارده سال رنج زندان و  کشید تا شیعیان گنهکارش حفظ شوند. و همینطور به فدای امامی که در این زمان در زندان غیبت است و جرم گناهان شیعیانش را او بدوش میکشد و هیچکس نه به یادش و نه دعاگوی  اوست. حضرت فرمودند مردم به اندازه   فرج نیستند. یا صاحب الزمان  علیهماالسلام مصباح المتهجد ص۷۴۹ اعلام الورى ج۲ ص۶ بحار الانوار ج۴۸ ص۲۰۶ كافى ج1 ص260