بانو مجتهده امین، به موضوع علم‌آموزی زنان توجه بسیاری داشت به همین سبب در سال ۱۳۴۴ حوزه‌ای به نام "مکتب فاطمه (س)"، ویژه‌ی بانوان تاسیس نمود که در آن، به تدریس رشته‌های فقه، اصول، حکمت، عرفان، فلسفه و... می‌پرداخت و حدود ۶۰۰ تا ۱۰۰۰ شاگرد را جذب کرده بود. این مکتب، نه تنها از شاگردان شهریه ای دریافت نمی کرد، بلکه تمام هزینه های آن، توسط خود حاجیه خانم امین پرداخت می شد. بانو امین، علاوه بر «مکتب فاطمه»، اقدام به تاسیس دبیرستانی دخترانه کرد و به این طریق راه را برای ادامه‌ی تحصیل دختران در خانواده‌های مذهبی میسر نمود. توصیه‌ی این بانوی فرهیخته به زنان و دختران چنین بود که مشکلات دوران تحصیل را تحمل کنند و درس را ادامه دهند، زیرا کمبود افراد متعهد و آگاه در بسیاری جوامع به خوبی حس می شود.