زیارت اربعین آیت الله حاج آقا مصطفی خمینی نیز از عالمان و استادان نجف بود که همواره در مراسم پیاده روی حضوری پیوسته و جدی داشت. او مقید بود که در تمام ایام زیارت های مخصوص امام حسین(ع) (اول و نیمه رجب، نیمه شعبان، عرفه و به خصوص اربعین) پیاده از نجف به کربلا برود و در میان راه، گاهی کف پایش تاول می زد و زخمی می شد؛ ولی باز هم با شور و شوق تمام، به راه خود ادامه می داد و اصرار دوستان را برای سوار شدن به وسیله نقلیه، حتی در قسمتی از راه نمی پذیرفت و چون به نزدیک کربلا می رسید و نگاهش به گنبد و گل دسته های حرم امام حسین(ع) و پرچم سرخ رنگ آن می افتاد، بی اختیار اشک از چشمانش سرازیر می شد و مصیبت اهل بیت(ع) را زمزمه می کرد و به سر و سینه می زد و عزاداری و نوحه سرایی می کرد. وی در این سفر، بدون توجه به این که فرزند مرجع بزرگ تقلید، امام خمینی(ره) است، مانند یک طلبه ساده در خدمت همسفران بود و از کمک به آنان دریغ نمی کرد و در هنگام توقف و استراحت نیز به بحث علمی می پرداخت.  آقای محتشمی می گوید: در اوقات صبح، ظهر و شام، نماز به امامت آیت الله حاج آقا مصطفی خمینی(ره) اقامه می شد و شب هنگام، پس از نماز مغرب و عشاء، دعای توسل و زیارت عاشورا خوانده می شد. اگر شب جمعه در راه بودیم، دعای کمیل و ذکر مصیبت توسط دوستان انجام می گرفت. از خصوصیات مرحوم حاج آقا مصطفی این بود که هر شب، قبل از اذان صبح برمی خواست و به نماز شب می پرداخت. او بسیار خوش مشرب و خوش مسافرت بود و در سفرها با همراهان دوست و رفیق بود و همواره سعی می کرد به کسی سخت نگذرد و مواظب بود کسی عقب نیافتد و جا نماند. در جلسات گفت وشنودی که اغلب شب ها رفقای همسفر دور هم جمع می شدند، از هر دری سخنی به میان می آمد و حاج آقا مصطفی، پیوسته متذکر بود و زیر لب اذکاری را زمزمه می کرد. در تابستان ها به علت گرمی طاقت فرسای هوا، بعد از اذان صبح حرکت می کردیم و تا دو سه ساعت بعد از طلوع آفتاب، راه می رفتیم؛ سپس در محلی توقف می کردیم و صبحانه و نهار در همان جا صرف می شد و عصر که مقداری از گرمای هوا کاسته می شد، باز حرکت از سر گرفته می شد. محمدحسن رحیمیان، حدیث رویش، ص 149.  خاطرات سیدعلی اکبر محتشمی، ص123 @salehintehran