داستان «کتاب مخفی» داستان یک کتاب است، کتابی مخفی درباره ناگفته‏‌های صدر اسلام. کتابی که در آن مردی به نام «ماهان» که تاریخ‌نویس ایرانی است، نام منافقان و دشمنان رسول‏ خدا و امیرالمومنین(ع) را در کتاب تاریخش می‌‏آورد. این کتاب قرار است برسد به ایران زمین، تا خبر غدیر و اخبار فضائل امیرالمومنین به مردم ایران برساند. به طور اتفاقی منافقان از وجود این کتاب مطلع می‌شوند و درصددند با یافتن کتاب نویسنده آن را بکشند.