مکانیسم اثر آنها به خاطر اختصاصی نبودن آنزیم‌های آن‌ها برای ماده‌ای خاص طیف موادی را که تجزیه می‌کنند گسترده‌تر کرده است. آنزیم‌های این میکرو ارگانیسم ها بوسیله فرایندهای اکسیداسیون و کاهش روی فلزها اثر می‌کنند و به اصطلاح باعث زنگ‌زدگی آنها می‌شوند. تغییر ماهیت ماده در بسیاری از موارد حائز اهمیت می‌باشد چرا که دیگر کارایی پیشین را از دست داده و از طرف دیگر هزینه‌های اضافی را تحمیل می‌کند