چند معجزه از شفای درد چشم خادم به سبب معجزه حضرت در شیرخوارگی روایت است که امام محمد تقی علیه السلام خادمی داشت که نام او محمد بن انس بود که مدتی در خدمت آن حضرت بود. هنگامی او به درد چشم مبتلا شده بود و هر روز شدیدتر می شد به نحوی که کار بر او تنگ شده بود و نزدیک به کوری رسید. روزی به خدمت امام محمد تقی علیه السلام آمد و عرض کرد ای مولای من! فدای تو شوم، مدت یک سال است که به درد چشم مبتلا شده ام و اکنون نزدیک است که کور شوم. به جهت شفا به درگاه شما متوسل نموده ام. حضرت چند کلمه بر کاغذی نوشت و به دست او داد و فرمود: این کاغذ را بردار و به پیش فرزندم علی النقی علیه السلام برو تا درد چشم تو را علاج کند. در آن وقت علی النقی علیه السلام شیرخواره بود. پس خادم کاغذ را برداشته به در خانه آن حضرت آمد. دید که علی النقی بر کتف کنیزک بود. چون خادم پدر را دید، دست مبارک دراز کرد و چیزی طلب نمود. خادم کاغذ را به دست آن حضرت داد. چون به کاغذ نگاه کرد، هر دو دست را باز کرد و به بغل خادم رفت و دست بر چشم او مالید. در همان لحظه به قدرت حقتعالی و معجزه آن حضرت چنان چشم او روشن گردید و از درد ساکت شد که گویی هرگز او درد چشم نداشته است. داستان تشیع مردی اصفهانی آورده اند که مردی اصفهانی به نام عبدالرحمن و از جمله شیعیان و محبان امام علی النقی علیه السلام بود. روزی مردم اصفهان به او گفتند: سبب تشیع تو را نمی دانیم؟ گفت: هنگامی که با گروهی برای تظلم به درگاه متوکل می رفتم، روزی از نزدیک خانه متوکل می گذشتم که امر به حاضر نمودن امام علی النقی علیه السلام نمود. من از کسی پرسیدم که این شخص کیست؟ گفت: سیدی علوی است که رافضیان او را امام می دانند و خلیفه او را برای کشتن طلبیده است. پس صبر کردم تا او را ببینم. بعد از ساعتی شخصی را دیدم که بر اسب سواره می آید و مردم صف کشیده بودند و کوچه داده و در چپ و راست ایستاده اند. من به آن حضرت نگاه می کردم و او را چشم از یال اسب بر نمی داشت و به هیچ طرف نگاه نمی کرد. به محض دیدن امام، محبتی در دل من افتاد و در دل با خود می گفتم: خدایا! شر متوکل را از او دفع کن. و هر چه نزدیک تر می شد، محبتش در دل من افزون تر می گشت و در باطن می نالیدم و می گفتم: خدایا! این جوان هاشمی را از کید و غضب متوکل خلاص کن. هنگامی که به مقابل من رسید، به من روی کرد و فرمود: استجاب الله دعائک و زاد الله فیعمرک و بالک و ولدک،حقتعالی دعای تو را اجابت کرد و زیاد کرد عمر تو را، مال تو را و فرزندان تو را. لرزه بر اندام من افتاد و خود را به میان مردم انداختم. از من پرسیدند: برای تو چه اتفاقی افتاده؟ از همه پنهان کردم. بعد از ساعتی آن حضرت با اعزاز و اکرام تمام از خانه متوکل بازگشت و با آن که من از فقیرترین مردم اصفهان بودم، چون برگشتم از چند جایی که اصلا امید نداشتم مال های زیادی به دست من آمد، به طوری که امروز در خانه من هزار هزار دینار و دراهم است به غیر آنچه در بیرون دارم و فرزندانم به ده عدد رسیده، عمرم از هفتاد و اندی گذشته است. من از این جهت به امامت او معترف گردیدم، به جهت محبتی که از آن حضرت در دل من افتاد و دعایش در حق من مستجاب شد. قتل پنجاه غلام به دستور متوکل و زنده شدن آنها به معجزه حضرت ابراهیم بن بلطون از پدرش روایت می کند که او گفت: من حاجب متوکل بودم. برای او پنجاه غلام از خزر به عنوان هدیه آورده بودند. به من دستور داده بود که آنها را تربیت کنم و به ایشان خوبی نمایم تا هنگامی که به آنها نیاز داریم. یک سال گذشت، روزی من در خدمت متوکل ایستاده بودم که امام علی النقی علیه السلام به آنجا آمد و بر جای خود نشست. متوکل به من گفت: تا آن غلامان را به مجلس بیاورم، من نیز به دستور عمل کردم. هنگامی که چشم غلامان بر آن حضرت افتاد، همه به یکباره به سجده افتادند. چون متوکل این حالت را دید، ناراحت شده و به خود می پیچید. از مجلس برخاست و با عصبانیت پای بر زمین می کشید و به پشت پرده رفت. امام علی النقی علیه السلام چون این حالت را مشاهده نمود، برخاست و از مجلس بیرون رفت. هنگامی که متوکل فهمید که امام از مجلس بیرون رفت به آن جا باز گشت و گفت: ویلک یابن بلطون، وای بر تو ای ابن بلطون، این چه حرکتی بود که از غلامان سر زد؟ گفتم: به خدا قسم که نمی دانم. متوکل گفت: از آنها بپرس. چون پرسیدم، گفتند: این مردی است که سالی یک بار نزد ما می آید و دین حق را بر ما عرضه می کند و ده روز نزد ما می ماند و بعد از آن مراجعت می فرماید. او وصی پیامبر مسلمانان است.