هادی خامنه‌ای فعالیت سیاسی را از اواسط دهه ۱۳۴۰ آغاز کرد، که منجر به دستگیری وی توسط ساواک و زندانی شدن او گردید. وی پس از وقوع انقلاب ۱۳۵۷ در مجالس ادوار اول، دوم، سوم و ششم حضور داشت. خامنه‌ای در سالِ ۱۳۶۵ طیِّ حمله سازمان مجاهدین خلق به شرکت‌کنندگانِ راهپیمایی ۲۲ بهمن در مشهد از پا مجروح شد.[۵][۶] او از روحانیون جناح چپ در ایران به‌شمار می‌رود.[۷] وی در انتخابات مجلس چهارم، که نخستین مجلس پس از رهبری سیدعلی خامنه‌ای محسوب می‌شد، از سوی شورای نگهبان رد صلاحیت شد.[۸] او همچنین در دومین دوره انتخابات مجلس خبرگان رهبری نیز از سوی شورای نگهبان، دارای صلاحیت برای حضور در انتخابات، تشخیص داده نشد.[۹] هادی خامنه‌ای از بنیانگذاران مجمع روحانیون مبارز و دبیرکل مجمع نیروهای خط امام است.[۱۰][۱۱] نظرات راجع به جنگ اول خلیج فارس ویرایش در سال ۱۹۹۱ میلادی (۱۳۶۹) و پس از اشغال کویت توسط صدام حسین و حمله نیروهای ائتلاف و ناتو به عراق، هادی خامنه‌ای که در آن زمان نماینده مشهد در دوره سوم مجلس شورای اسلامی بود، طی نطق پیش از دستور خود، به تاریخ ۱ بهمن ۱۳۶۹ به شدت به ایالات متحده آمریکا تاخت و این‌گونه اظهار داشت: واقعیت این است، که اگر کویت هم مورد تهاجم قرار نمی‌گرفت، باز هم این میهمان ناخوانده (آمریکا) برای آمدن خود بهانه‌ای می‌یافت. این وحشی درنده، هر جا که طعمه یا طعمه‌هایش به خطر افتد، حمله می‌کند و خون می‌ریزد. کویت و حجاز و غیره برایش فرق نمی‌کند. تمامیت ارضی کشورها را اصلاً قبول ندارد. قانون و مقررات سازمان ملل برایش اهمیتی ندارد. آنجا که کشور اسلامی ما را مورد حمله قرار می‌دهد، رسماً از خشکانیدن ریشه ما و ملت ما سخن می‌گوید و آنجا که زمام کار در کویت و حجاز از دستش خارج می‌شود، بهانه دفاع از حقوق بشر و تمامیت ارضی می‌گیرد. در مسئله فلسطین هم که هیچ منطق و بهانه‌ای ندارد. از بی‌غیرتی و پفیوزی حکام مرتجع منطقه مدد می‌گیرد. نباید از یاد برد که آمریکا و همچنین انگلیس، کینه‌ای تمام نشدنی از ما و انقلاب اسلامیمان در دل دارند. این جنگ دنباله جنگهای صلیبی است. جنگی که امروز قهرمان شایسته‌اش اسلام و جمهوری اسلامی باید باشد و نباید این صحنه‌ها خالی بماند. امروز بر اساس فتوای صریح حضرت امام رحمه الله و مسؤولیت سنگینی که در جهان اسلام و ملت‌های مستضعف در زنجیر و رابطه‌ای که با ملت مسلمان انقلابی‌مان در منطقه بالخصوص ملت عراق، لبنان و فلسطین داریم، نمی‌توانیم فقط به توصیه و سخنرانی و حتی راهپیمایی اکتفا کنیم