آیت‌الله خامنه‌ای به اتهام عضویت در گروه یازده نفره به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه‌ی کیهان و احضار آیت‌الله خامنه‌ای به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری ورزید. او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضلالله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت. او با تشکیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون درباره‌ی اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم‌گیری و اقدام میکرد
2⃣1⃣
آیت‌الله خامنه‌ای با نگاه عقیدتی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم برآن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد. او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای اقشار مختلف مردم می‌کوشید مبانی دینی ـ اعتقادی آنان را تقویت نماید. او معتقد بود تحقق آرمانهای اسلامی در بستری از کوششهای فرهنگی ممکن است و خیزشهای مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد. جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاهها تلقی می‌شد. این رویکرد را در واکنش به فعالیتهای جریانهای سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی، ضروری می‌دانست. در این زمینه فعالیتهای علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفکران اسلامی در سال ۱۳۴۸ برگزار کرد
2⃣2⃣
آیت‌الله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفکران و کانونهای روشنفکری مشهور در عرصه‌ی مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت. وی در سال ۱۳۴۸ به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانیهایی در برخی مراکز فعال سیاسی ـ اسلامی در تهران از جمله حسینیه‌ی ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد. سخنرانیهای وی در حسینیه‌ی ارشاد که در اواخر سال ۱۳۴۸ و به دنبال دعوت آیت‌الله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجد الجواد تهران، به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانش‌آموزان داشت. آیت‌الله خامنه‌ای در بهار ۱۳۴۹ در جهت عمق بخشیدن به روند نهضت اسلامی و تقویت بن‌مایه‌های عقیدتی مبارزه با رژیم پهلوی، سلسله جلساتی را پایه‌گذاری کرد که در آن ایده‌ی مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سید محمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، مهدی بازرگان، اکبر هاشمی رفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله‌جلسات به تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید
2⃣3⃣
با درگذشت آیت‌الله سید محسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیت‌الله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیت‌الله خامنه‌ای ضمن گرامی‌داشت مقام فقهی و علمی آیت‌الله حکیم و ارسال پیامهای تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد. در همان ایام و به دنبال شهادت آیت‌الله سید محمدرضا سعیدی در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ توسط ساواک که از مهم‌ترین مروجین امام خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنشهای مردمی در اعتراض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد. بر اثر جریان‌سازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از امام خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند . به دنبال آن و با گسترش دامنه‌ی اعتراضات و مبارزات ساواک مشهد در ۲ مهر ۱۳۴۹ دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان ـ تنها زندان امنیتی مشهد ـ بازداشت کرد. در محرم ۱۳۹۱/ اسفند ۱۳۴۹ با آنکه نام آیت‌الله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک قرار گرفته بود وی سخنرانیهایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در سال ۱۳۵۰ به دعوت آیت‌الله طالقانی سخنرانیهایی در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، ایراد کرد
2⃣4⃣
در پی تحریم جشنهای ۲۵۰۰ ساله از سوی امام خمینی ساواک مراقبتهای شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت. بر این اساس وی در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد. او پس از آزادی، فعالیتهای خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان ۱۳۵۰ که به بازداشت کوتاه‌مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید. دیگری در ۲۱ آذر همان سال که به اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به سه ماه حبس محکوم گردید
2⃣5⃣
رهبر معظم انقلاب پس از آزادی، فعالیتهای سیاسی ـ اجتماعی خود را گسترش داد و بارها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانیهایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسه‌ی میرزاجعفر و مسجد امام حسن (ع) و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت. مخاطب او در این جلسات دانش‌آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروههایی از اقشار مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعدها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی‌بخشی پرداختند. گزارشهای جلسات سخنرانی و درس او بارها از سوی مأموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی چون آیت‌الله خامنه‌ای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی می‌شدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشه‌های مبارزاتی امام خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند
2⃣6⃣
آیت‌الله خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله‌جلسات درس اصول عقاید را، که هفته‌ای یک بار در روزهای سه‌شنبه برگزار می‌شد، دایر کرد. در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیرش در مسجد امام حسن (ع) و منزلش را تعطیل کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در آذر ۱۳۵۲ محل اقامه‌ی نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کرد. ساواک مشهد در واکنش به فعالیتهای سیاسی گسترده‌ی او، او را از اقامه‌ی نماز جماعت در آن مسجد باز داشت
2⃣7⃣
در آبان ۱۳۵۳ به دعوت آیت‌الله محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری آیت‌الله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانونهای مهم مبارزه اقدام کرد. به دنبال آن، منزل آیت‌الله خامنه‌ای هم در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره‌ی ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان‌دهی مبارزه و استفاده از فرصتها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود. در نهایت آیت‌الله خامنه‌ای در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته‌ی مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردیدو به گفته خود دشوارترین و سخت‌ترین وضعیت حبس خود را تجربه کرد.او در حبس، اجازه‌ی ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود
2⃣8⃣
به دنبال درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کرد. همان ایام به همراه عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره کردند. با درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله‌ی نهایی خود شد و حرکتهای جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.
رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیتها، به‌رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیتهای مبارزان را محدودتر کرد. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محکوم شدند که آیت‌الله خامنه‌ای هم در زمره‌ی آنان بود. او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید و مأموران ساواک در ۲۳ آذر ۱۳۵۶ به منزل او یورش برده و او را دستگیر و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری علیه حکومت بود
اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و با بهره‌گیری از این فرصتها پیام انقلاب را به مردم دورترین نقاط کشور رساند. سخنرانیهای او در مسجد آل‌رسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و اقشار مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیتهای او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت به‌عمل آورند
3⃣0⃣
رهبری در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه‌ی جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود . اما او به‌رغم همه‌ی محدودیتهای سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیتها و اقدامات روشنگرانه‌ی انقلابی خود را به صورت مخفیانه پیگرفت و پرداخت شهریه‌ی امام خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد . در اواخر سال ۱۳۵۴ مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه‌ی اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد. او در خرداد ۱۳۵۵، به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمکرسانی به مردم سیل‌زده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه‌ی عوضیه‌ی آن شهر به امدادرسانی پرداختند.
در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره‌ی فعالیتهای سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ در مشهد وجود دارد که به طرف‌داری از امام خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداخته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای در محرم ۱۳۹۶/دی ۱۳۵۵ سخنرانیهایی علیه رژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله‌جلسات مباحثه درباره‌ی تبیین فضای فکری ـ فرهنگی، به‌ویژه برای دانشجویان و جوانان و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید. از سوی دیگر، ساواک هم می‌کوشید برای به دست آوردن مستنداتی علیه او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند . به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آیت‌الله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور داشت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینه‌اش با شریعتی و پدرش بود
2⃣9⃣
به دنبال درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کرد. همان ایام به همراه عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره کردند. با درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله‌ی نهایی خود شد و حرکتهای جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.
رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیتها، به‌رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیتهای مبارزان را محدودتر کرد. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محکوم شدند که آیت‌الله خامنه‌ای هم در زمره‌ی آنان بود. او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید و مأموران ساواک در ۲۳ آذر ۱۳۵۶ به منزل او یورش برده و او را دستگیر و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری علیه حکومت بود
اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و با بهره‌گیری از این فرصتها پیام انقلاب را به مردم دورترین نقاط کشور رساند. سخنرانیهای او در مسجد آل‌رسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و اقشار مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیتهای او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت به‌عمل آورند
3⃣0⃣
رهبر معظم انقلاب در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامه‌ای به آیت‌الله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه‌ی رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه‌ی مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را گرامی داشت. این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید
⬅️وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا آیت‌الله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده‌دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمکهای مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب و در بین سیل‌زده‌ها تقسیم کند
⬅️آیت‌الله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره‌ی نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخدادها قرار می‌گرفت و با نامه‌نگاریهای گوناگون در بسیاری از تصمیم‌گیریهای جمعی علما مشارکت میکرد.
3⃣1⃣