وی از این هم صریحتر در کتاب آزادی تکامل می یابد، در همان فصل اول صفحه اول بحث خود را به این شکل شروع می کند؛ این ایده را که ما روحی داریم نامیرا و غیر مادی و این روح مرکز تمام احساسات و عشق و عواطف و لذت و خجالت است را باید کنار بگذاریم و میگوید دیگر به لطف علم جدید جایی برای چنین ایده ای وجود ندارد. وی ایده روح مجرد را ناتوان از مقابله با قوانین فیزیک می داند و مطمئن است که دیگر تاریخ مصرف روح مجرد با علم جدید تمام شده است. وی در آخر جمله ای دارد که افرادی را که نگران از تبعات این ایده وی هستند را دلداری می دهد و می گوید نترسید هیچ مشکلی پیش نمی آید:
خیلی از مردم فکر می کنند که لوازم این(نبود روح مجرد) خیلی ترسناک است: چرا که اگر اراده آزاد نداریم در نتیجه دیگر هیچ چیز مهم نیست.(کنایه از اینکه سنگ بر روی سنگ بند نمی شود).
هدف این کتاب این است که نشان دهد که این عده اشتباه می کنند.
مقصود وی این است که بله با اینکه اراده آزاد نداریم ولی مشکلی در زندگی روزمره و قانونمندی ما به وجود نخواهد آمد.
وی در این کتاب عبارت اراده آزاد (Free Will) را 210 بار به کار برده است و شدیدا تلاش کرده که اراده را در وجود انسان حذف کند
یکی از مهمترین دلیل هایی که در بحث وجود بعد مجرد در انسان، معتقدین به آن ارائه می کنند، وجود علم و آگاهی و شهور در انسان است. آگاهی یکی از مسائلی است که هنوز بحثهای پر دامنه داری در مورد آن وجود دارد که حقیقت آن چیست و از کجا نشئت می گیرد. از جایگاههایی که علوم مادی تقلیل گرا و از جمله داروینیست ها با آن مواجه سختی دارند و دست و پا می زنند که به نحوی آن را هم به صورت مادی تحلیل کنند همین است. فوکایاما می گوید:
حوزه ای که در آن ناتوانی علوم مادی تقلیل گر در توضیح پدیده های مشهود، به وضوح دیده می شود مسئله شعور انسان است. منظور من از شعور شرایط غیر مادی است. (فوکویاما 1390, 245)
داروینیست ها از آنجا که به نوعی علمدار و داعیه دار توجیه حقیقت انسانی به صورت مادی می باشند، تمام تلاش خود را در این زمینه دارند. بزرگترین دانشمند ایشان دنیل دنت است که در این زمینه یک پیشرو و بی پروا محسوب می شود. وی آگاهی را مجموعه پیچیده ای از مم ها (تاثیر مم ها در مغز) می داند که راه خوب درک آن شباهت وی به نوعی کامپیوتر است که مغز آن را طراحی و اجرا می کند. رک (D. Dennett 1991, 210) وی دو کتاب در این زمینه نگاشته است، آگاهی توضیح داده شده و از باکتری تا باخ
اینکه واقعا ربات ها و اندرویدها بتوانند عکس المعلهایی مشابه حالت انسانی داشته باشند چیز بعیدی به نظر نمی رسد، ولی اینکه بتوانند احساساتی شبیه انسان در مورد درد و لذت و خشم ... داشته باشند از نظر دانشمندان بزرگ غیر ممکن به نظر می رسد. یعنی ممکن است یک ربات بتواند در هنگام لمس حرارت دست خود را بکشد و بدون هیچ حسی از سوختن خود جلوگیری کند ولی اینکه واقعا سوختن را به احساس کند چنین چیزی غیر ممکن می نماید حتی امثال فرنسیس فکویاما این احساسات انسانی را که اختصاص به گونه ما دارد تعیین کننده تر در خصوصیات وجودی مختص آدمی میداند تا اخلاقیات . (فوکویاما 1390, 248-249) وی در ادامه می گوید
اینکه رباتهای انسان نما، رباتها، یا کمپیوتر ناگهان احساساتی نظیر تس، امید، وحتی عشق یا تمایل جنسی از خود نشاندهند، در واقع خوراک افسانه های علمی- تخیلی است؛ اما هیچ کس تاکنون حتی قدمی هم به شرح چگونگی انجام این پدیده ها نزدیک نشده است. ام مسئله تنها این نیست. در این مورد نیز مثل شعور هیچ کس نمی داند احساسات از جنبه رفتار شناسی چیست و هچ کس دلیل پیدایش آ«ها در زیست شناسی انسان را نمی داند. (فوکویاما 1390, 248)
برای خیلی از دانشمندان توضیح هوش مصنوعی به این شکل که بگویند شعور و آگاهی خاصیت نوخاسته از نوعی کامپیوتر های پیچیده است امری عادی است. یعنی همانطور که جان سرل معتقد است هوش، یک خاصیت بیولوژیکی مغز است که بسیار به تحریک نرونها یا انتقال دهنده های عصبی شبیه است و علم زیست شناسی، روزی شیوه تولید آن را توسط بافت ارگانیک توضیح خواهد داد. با این حال جواب فوکایاما به ایشان جالب توجه است:
اما چنین ادعایی هیچ نیست مگر فرضیه ای ثابت نشده، که بر اساس مقایسه با دیگر سیستمهای پیجیده به دست آمده است. هرگز دیده نشده است که شعور در شرایط تجربی شکل گیرد و یا حتی هیچ نظریه ای در مورد چگونگی به وجود آمدنآن پرداخته نشده است. (فوکویاما 1390, 252)