بیوانفورماتیک
🧬🔬 ا Multi-Omics در بیوانفورماتیک
📘 عنوان: Multi-Omics؛ تحلیل همزمان ژنوم، ترنسکریپتوم، پروتئوم و متابولوم برای درک جامع سیستمهای زیستی
🔍 تعریف مفهومی: Multi-Omics به ادغام و تحلیل همزمان چندین لایه دادهای Omics گفته میشود: ژنومیک، اپیژنتیک، ترنسکریپتومیک، پروتئومیک، متابولومیک و حتی فنومیکس.
📖 به زبان ساده:
اگر هر Omics مثل یک پنجره به بخشی از سیستم زیستی باشد، Multi-Omics مجموعه این پنجرههاست که تصویر کامل و سهبعدی از سلول، بافت یا ارگانیسم ارائه میدهد 🌐🧠.
🧠 اهداف اصلی Multi-Omics:
1️⃣ درک تعاملات پیچیده بین ژنها، پروتئینها، متابولیتها و فنوتیپها
2️⃣ کشف مسیرهای مولکولی مرتبط با بیماریها و پاسخ دارویی
3️⃣ شناسایی بیومارکرهای دقیق برای پزشکی شخصیسازیشده
4️⃣ مدلسازی سیستمهای زیستی و شبکههای مولکولی
⚙️ لایههای Multi-Omics:
🔹 Genomics – توالییابی DNA و شناسایی جهشها
🔹لایه Epigenomics – متیلاسیون DNA و تغییرات کروماتین
🔹 لایه Transcriptomics – تحلیل بیان ژنها (RNA-Seq, scRNA-Seq)
🔹 لایه Proteomics – پروتئینها، پروتئوم و تعاملات پروتئینی
🔹 لایه Metabolomics – متابولیتها و مسیرهای متابولیکی
🔹لایه Phenomics – صفات قابل اندازهگیری ارگانیسمها
💻 ابزارها و پلتفرمهای کلیدی:
🔹 MixOmics – ادغام دادههای چند Omics در R
🔹 Cytoscape + OmicsNet – تحلیل شبکههای مولکولی چندلایهای
🔹 MetaboAnalyst – تحلیل دادههای متابولومیک و ترکیب با سایر Omics
🔹 iCluster / MOFA – مدلسازی دادههای چند-Omics برای خوشهبندی و پیشبینی
🔗 منابع:
• https://www.mixomics.org/
• https://www.metaboanalyst.ca/
• https://www.omicsnet.ca/
🧪 کاربردهای Multi-Omics:
1️⃣ پزشکی شخصیسازیشده
• شناسایی مسیرهای مولکولی و بیومارکرهای پیشبینیکننده پاسخ دارویی 🧬💊
2️⃣ مطالعات سرطان و بیماریهای مزمن
• ادغام دادههای ژنومیک، پروتئومیک و متابولومیک برای درک مسیرهای بیماری 🧪
3️⃣ بیوتکنولوژی و زیستفناوری صنعتی
• بهینهسازی مسیرهای متابولیک و طراحی میکروبها یا گیاهان مهندسیشده ⚗️🌱
4️⃣ کشاورزی و دامپروری دقیق
• تحلیل رشد، تولید و مقاومت حیوانات و گیاهان از طریق دادههای Multi-Omics 🐄🌾
📈 مزایا و اهمیت:
• امکان تحلیل سیستمهای پیچیده بهصورت جامع
• شناسایی تعاملات ژن-پروتئین-متابولیت
• پشتیبانی از تصمیمگیری بالینی و تحقیقاتی دقیقتر
• پیشبینی پاسخ فردی به دارو، محیط یا تغذیه
💬 جمعبندی:
Multi-Omics پلی بین دادههای مولکولی، شبکههای سلولی و فنوتایپها است.
با این روش، پژوهشگران قادرند سیستمهای زیستی را بهصورت کلنگر و دقیق مدلسازی کنند و مسیرهای درمانی و زیستفناورانه نوین طراحی کنند 🌐🧬💡.
📚
#MultiOmics #Bioinformatics #SystemsBiology #Genomics #Proteomics #Metabolomics #Transcriptomics #Phenomics #NetworkBiology #PrecisionMedicine
🌎 با لمس لینک ایتا با ما در کانال تحلیل دادههای زیستی همراه باشید:
Eitaa: https://eitaa.com/biodataanalysis
DataAnalysis-0074-14050215
اصلاح نژاد دام
📢 دوره آنلاین آمار بیزی و MCMC در اصلاح نژاد دام
⏰ زمان برگزاری: ۱۵ تا ۱۹ ژوئن ۲۰۲۶ (۲۶ تا ۳۰ خرداد ۱۴۰۵)، ساعت ۱۵ تا ۱۹ به وقت اسپانیا (والنسیا)
🧑🏫 مدرسین:
- آگوستین بلاسکو (تئوری)
- مارینا مارتینس آلوارو (حل تمرین)
🔹 سرفصلهای دوره:
✔️ مرور روشهای کلاسیک آمار استنباطی و بررسی نقاط ضعف آنها
✔️ مزایای استنباط بیزی و ارزیابی عدم قطعیت با استفاده از احتمالات
✔️ مفاهیم جدید: احتمال ارتباط، احتمال مشابهت، و حداقل مقدار تضمینشده
✔️ مقایسه آسان تیمارها به صورت نسبت (به جای تفاوت) در چارچوب MCMC
✔️ روشهای MCMC به صورت شهودی و کاربرد آنها در مدلهای خطی:
- برآورد اثرات ثابت
- پیشبینی ارزشهای اصلاحی
- برآورد مؤلفههای واریانس و پارامترهای ژنتیکی
✔️ مباحث پیشرفته: مدلهای سلسلهمراتبی، ژنتیک ناپایداری محیطی، تجزیه و تحلیل دادههای انتخاب شده، و «الفبای بیزی»
✔️ مسئله توزیع پیشین (Prior probability)
✔️ تکنیکهای انتخاب مدل: آزمون نسبت درستنمایی، فاکتور بیز، AIC، BIC، DIC
🔹 نرمافزار مورد نیاز:
نرمافزار عمومی و نرمافزار تهیهشده توسط مدرسین برای تمرینهای عملی استفاده میشود.
اگرچه آشنایی با R الزامی نیست، اما نصب نسخه R 4.3.2 یا جدیدتر روی لپتاپ شرکتکنندگان ضروری است.
🔹 منابع دوره:
کتاب «تحلیل دادههای بیزی برای دانشمندان علوم دامی» (نوشته آگوستین بلاسکو، انتشارات اشپرینگر، ۲۰۱۷) به همراه جزوه و مقالات بحثمحور ارائه خواهد شد.
📄 برای مشاهده رزومه کوتاه استاد بلاسکو:
https://dca.webs.upv.es/dcia/ablasco/curri.htm
🌐 اطلاعات بیشتر و ثبتنام:
با توجه به عدم دسترسی موقت به لینک اصلی، احتمالاً صفحه دوره بهزودی فعال خواهد شد. جهت کسب اطلاعات بیشتر میتوانید با استاد بلاسکو تماس بگیرید:
Agustin Blasco
Professor of Animal Breeding and Genetics
Institute for Animal Science and Technology
Universitat Polit=E8cnica de Val=E8ncia
P.O. Box 22012. Valencia 46022. Spain
Phone: +34 630157450
Web: http://dca.webs.upv.es/dcia/ablasco
#آمار_بیزی #MCMC #اصلاح_نژاد_دام #دوره_آنلاین #دانشگاه_پلیتکنیک_والنسیا #علوم_دامی
🌎 با لمس لینک ایتا با ما در کانال تحلیل دادههای زیستی همراه باشید:
Eitaa: https://eitaa.com/biodataanalysis
DataAnalysis-0075-14050215
پایگاه دادهها
📢 بهروزرسانی بزرگ پایگاههای داده ژنوم حیوانات (NAGRP)
📆 اردیبهشت ۱۴۰۵ - شماره ۲ از ۲۰۲۶
🧬 گروه بیوانفورماتیک NAGRP جدیدترین انتشارات خود را اعلام کرد:
🐄 ۱. انتشار نسخه ۵۹ پایگاه QTLdb (مرتبط با صفات کمی)
📅 ۲۰ آوریل ۲۰۲۶ میلادی (۳۱ فروردین ۱۴۰۵)
🔹 ۷,۵۶۲ رکورد جدید QTL/ارتباطی به پایگاه اضافه شد:
🐂 گاو: ۵,۲۹۱
🐔 مرغ: ۱,۱۳۷
🐐 بز: ۳۲۲
🐖 خوک: ۱۷۳
🐑 گوسفند: ۶۳۹
📊 مجموع QTLهای ثبتشده تا امروز: ۳۱۸,۴۴۱ رکورد از ۳,۰۳۸ مقاله علمی.
🔗 https://www.animalgenome.org/QTLdb/
📊 ۲. انتشار نسخه ۲۷ پایگاه CorrDB (همبستگی و وراثتپذیری)
📅 ۲۱ آوریل ۲۰۲۶ (۱ اردیبهشت ۱۴۰۵)
➕ ۱,۷۸۵ داده همبستگی جدید
➕ ۲۷۷ داده وراثتپذیری جدید
🔗 https://www.animalgenome.org/CorrDB/
🧠 ۳. بهروزرسانی هستیشناسیها (Ontologies)
✅ VT (هستیشناسی صفات مهرهداران): ۱۳ نسخه جدید – ۴,۰۵۵ عبارت
✅ LBO (نژادهای دام): ۱,۱۴۲ عبارت
✅ LPT (صفات فرآورده دامی): ۵۲۱ عبارت
✅ CMO (اندازهگیری بالینی): بهروزرسانی از BioPortal
🔗 https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/
🗓 ۴. تقویم رویدادهای علمی جامعه
🔹 امکان مشاهده رویدادها به صورت نمایش تقویمی
🔹 ارسال رویداد جدید توسط کاربران
🔗 https://www.animalgenome.org/community/meetings/
🛠 تغییرات فنی مهم:
❌ چهار نقشه ژنومی قدیمی از لیست پشتیبانی QTLdb خارج شدند:
Btau4 (گاو)
GG4 (مرغ)
SS10 (خوک)
OAR3 (گوسفند)
✅ دادههای قدیمی همچنان به نقشههای پیشفرض جدید منتقل خواهند شد.
🧑💻 پشتیبانی مالی پروژه:
USDA-NIFA (کمک هزینه رقابتی شماره ۲۰۲۴-۶۷۰۱۶-۴۲۳۱۱)
پروژه چندایالتی NRSP8: ظرفیت ژنومی برای صنایع دامی
📬 تماس با تیم بیوانفورماتیک NAGRP:
✉️ bioinfo-team@animalgenome.org
🌐 https://www.animalgenome.org
#ژنوم_حیوانات #QTL #CorrDB #هستی_شناسی #NAGRP #NRSP8 #USDA #بیوانفورماتیک #دام_و_طیور #به_روزرسانی_علمی #ژنتیک_دام
🌎 با لمس لینک ایتا با ما در کانال تحلیل دادههای زیستی همراه باشید:
Eitaa: https://eitaa.com/biodataanalysis
DataAnalysis-0076-14050217
پایگاه دادهها
📢 بهروزرسانی بزرگ پایگاههای داده ژنوم حیوانات (NAGRP)
📆 اردیبهشت ۱۴۰۵ - شماره ۲ از ۲۰۲۶
🧬 گروه بیوانفورماتیک NAGRP جدیدترین انتشارات خود را اعلام کرد:
🐄 ۱. انتشار نسخه ۵۹ پایگاه QTLdb (مرتبط با صفات کمی)
📅 ۲۰ آوریل ۲۰۲۶ میلادی (۳۱ فروردین ۱۴۰۵)
🔹 ۷,۵۶۲ رکورد جدید QTL/ارتباطی به پایگاه اضافه شد:
🐂 گاو: ۵,۲۹۱
🐔 مرغ: ۱,۱۳۷
🐐 بز: ۳۲۲
🐖 خوک: ۱۷۳
🐑 گوسفند: ۶۳۹
📊 مجموع QTLهای ثبتشده تا امروز: ۳۱۸,۴۴۱ رکورد از ۳,۰۳۸ مقاله علمی.
🔗 https://www.animalgenome.org/QTLdb/
📊 ۲. انتشار نسخه ۲۷ پایگاه CorrDB (همبستگی و وراثتپذیری)
📅 ۲۱ آوریل ۲۰۲۶ (۱ اردیبهشت ۱۴۰۵)
➕ ۱,۷۸۵ داده همبستگی جدید
➕ ۲۷۷ داده وراثتپذیری جدید
🔗 https://www.animalgenome.org/CorrDB/
🧠 ۳. بهروزرسانی هستیشناسیها (Ontologies)
✅ VT (هستیشناسی صفات مهرهداران): ۱۳ نسخه جدید – ۴,۰۵۵ عبارت
✅ LBO (نژادهای دام): ۱,۱۴۲ عبارت
✅ LPT (صفات فرآورده دامی): ۵۲۱ عبارت
✅ CMO (اندازهگیری بالینی): بهروزرسانی از BioPortal
🔗 https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/
🗓 ۴. تقویم رویدادهای علمی جامعه
🔹 امکان مشاهده رویدادها به صورت نمایش تقویمی
🔹 ارسال رویداد جدید توسط کاربران
🔗 https://www.animalgenome.org/community/meetings/
🛠 تغییرات فنی مهم:
❌ چهار نقشه ژنومی قدیمی از لیست پشتیبانی QTLdb خارج شدند:
Btau4 (گاو)
GG4 (مرغ)
SS10 (خوک)
OAR3 (گوسفند)
✅ دادههای قدیمی همچنان به نقشههای پیشفرض جدید منتقل خواهند شد.
📬 تماس با تیم بیوانفورماتیک NAGRP:
✉️ bioinfo-team@animalgenome.org
🌐 https://www.animalgenome.org
#ژنوم_حیوانات #QTL #CorrDB #هستی_شناسی #NAGRP #NRSP8 #USDA #بیوانفورماتیک #دام_و_طیور #به_روزرسانی_علمی #ژنتیک_دام
🌎 با لمس لینک ایتا با ما در کانال تحلیل دادههای زیستی همراه باشید:
Eitaa: https://eitaa.com/biodataanalysis
DataAnalysis-0076-14050217
آموزش بیوانفورماتیک
به اطلاع شما میرسانم که مجموعهای از دورههای آنلاین فیزالیا (Physalia) در پیش است که ممکن است برای اعضای این جامعه در حوزههای ژنومیک، زیستشناسی تکاملی و بیوانفورماتیک کاربردی مورد توجه باشد. در ادامه، دورههای پیشرو در مه ۲۰۲۶ معرفی میشوند:
📅 دورهها:
۱️⃣ فراتحلیل در R
🗓 ۱۴–۱۱ مه
🔗 https://www.physalia-courses.org/courses-workshops/metain-r/
۲️⃣ آنالیز غنیسازی مجموعه ژن (GSEA) در R
🗓 ۱۵–۱۱ مه
🔗 https://www.physalia-courses.org/courses-workshops/gse-in-r/
۳️⃣ اومیکس فضایی با R/Bioconductor
🗓 ۲۰–۱۸ مه
🔗 https://www.physalia-courses.org/courses-workshops/spatial-omics-1
۴️⃣ مقدمه بر GWAS (مطالعات ارتباطی کل ژنوم)
🗓 ۲۲–۱۸ مه
🔗 https://www.physalia-courses.org/courses-workshops/course49/
۵️⃣ ژنومیک دریایی
🗓 ۲۹–۲۵ مه
🔗 https://www.physalia-courses.org/courses-workshops/marine-genomics/
۶️⃣ مدلهای خطی تعمیمیافته (GLM) در R
🗓 ۲۹–۲۵ مه
🔗 https://www.physalia-courses.org/courses-workshops/glm-in-r-1/
✨ ویژگی دورهها:
✅ همه دورهها عملی (hands-on) هستند
✅ تمرکز بر تحلیل دادههای واقعی
✅ آموزش توسط متخصصان بینالمللی
📢 اگر فکر میکنید این دورهها برای همکاران یا دانشجویان در شبکه شما مفید است، لطفاً این اطلاعات را به اشتراک بگذارید.
#دوره_آنلاین #ژنومیک #بیوانفورماتیک #R_GSEA #GWAS #اومیکس_فضایی #ژنومیک_دریایی #Physalia #آموزش_علمی #تحلیل_داده #تکامل #زیست_شناسی_محاسباتی
🌎 با لمس لینک ایتا با ما در کانال تحلیل دادههای زیستی همراه باشید:
Eitaa: https://eitaa.com/biodataanalysis
DataAnalysis-0077-14050215
پایگاه داده ها
پایگاه Human Cell Atlas | نقشه تکسلولی بدن انسان
🕒 زمان مطالعه: ۴ دقیقه
📌 موضوع: پروژه بینالمللی برای ترسیم نقشه جامع بیان ژن در تکتک سلولهای بدن انسان
پایگاه uman Cell Atlas (HCA) یک پروژه عظیم جهانی است که با هدف شناسایی، طبقهبندی و توصیف همه انواع سلولهای انسانی بر اساس ویژگیهای مولکولیشان طراحی شده است.
🔬 ویژگیها و اهداف کلیدی:
• استفاده از فناوریهای توالییابی RNA تکسلولی (scRNA-seq)
• بررسی بیان ژن، متیلاسیون، کروماتین و پروتئوم در سطح سلولی
• دستهبندی سلولها بر اساس بافت، رده سلولی، وضعیت رشد و بیماری
📚 این پروژه مشارکت بیش از ۲۵۰ مؤسسه از سراسر جهان را شامل میشود و تاکنون میلیونها سلول انسانی در بافتهایی نظیر مغز، ریه، خون، کبد، قلب و روده بررسی شدهاند.
🧠 کاربردها:
• درک بهتر از تمایز سلولی و تکوین بافتها
• شناسایی سلولهای نادر یا بیماریزا
• ایجاد مرجع بیولوژیکی برای طراحی درمانهای سلولمحور و ایمونوتراپی
🧪 دادهها بهصورت عمومی از طریق پورتال HCA قابل دسترسی و تحلیل هستند.
🔗 لینک رسمی: https://www.humancellatlas.org/
🎯 نتیجهگیری برای پژوهشگران:
HCA دریچهای نو برای درک دقیق ساختار سلولی بدن انسان است. پژوهشگران میتوانند از این پایگاه برای مطالعات بیولوژی توسعه، سرطان، بیماریهای نادر و طراحی درمانهای دقیق بهره بگیرند.
🏷 #HumanCellAtlas #scRNAseq #بیولوژی_سلول #تک_سلولی #بیوانفورماتیک_پیشرفته #Omics
🌎 با لمس لینک ایتا با ما در کانال تحلیل دادههای زیستی همراه باشید:
Eitaa: https://eitaa.com/biodataanalysis
DataAnalysis-0078-14050414