بعد از این‌که وزارت اطلاعات تشکیل شد و اداره‌ کل اطلاعات هم در استان فارس تشکیل شد، وی به عنوان مسئول اداره‌ کل اطلاعات فارس انتخاب شد که درگیری درونی از همان جا در استان فارس هم شروع شد. موسوی معروف بود در همان زمان از بچه‌های چپ استان فارس هست و به اصطلاح جزو بچه‌های مسجد « #آتشی‌ها» بود. درگیری بین وی و امام‌جمعه‌ شیراز به اوج خود رسید که ناچار شدند موسوی را از شیراز به تهران منتقل کنند و در وزارت هم که بود معروف بود به #چپگرایی. در جریان انتخابات به شدت از #آقای‌خاتمی حمایت می‌کرد و این حمایت هم به قدری #افراطی شده بود که حتی طرفداران خود آقای‌خاتمی هم ناراحت می‌شدند. بعدها مشخص شد که مصطفی کاظمی از دوستان نزدیک [رسول] #منتجب‌نیا نماینده شیراز در مجلس سوم و مشاور #سیدمحمدخاتمی بوده است و از این طریق با خاتمی ارتباط داشته است.