درگیری و کشتار مردم مأموران نظامی که در نقاط مرکزی و حساس شهر‌های قم و تهران مستقر بودند به سوی تظاهرکنندگان تیراندازی کردند. تظاهرات در آن روز و دو روز بعد نیز ادامه یافت و تعدادی از مردم کشته و مجروح شدند. حسین فردوست در خاطراتش ادعا کرده که اگر به کمک اویسی نرفته بود با ندانم کاری‌هایش نزدیک بود تاج و تخت محمدرضا (شاه) را برباد بدهد ولی او با استفاده از یک آیین‌نامه آمریکایی برای مقابله با تظاهرات خیابانی و انتقالش به اویسی شاه و حکومتش را از مخمصه سقوط نجات داده است. دهقانان کفن‌پوش ورامینی نیز که در پشتیبانی از امام خمینی راهی تهران شده بودند، با مأموران نظامی در سر پل باقرآباد روبرو شده و تعدادی کشته یا زخمی شدند. یک کمیسیون تحقیق، تعداد کشته‌ها را ۸۶ نفر و زخمی‌ها را ۱۹۳ نفر اعلام کرد. واکنش حکومت پهلوی پس از فرو نشستن درگیری‌ها، اسدالله عَلَم نخست‌وزیر، در مصاحبه‌ای با روزنامه هرالد تریبون در روز ۱۷ خرداد ۱۳۴۲ش تهدید کرد که امام و برخی دیگر از علما، محاکمه نظامی خواهند شد و ممکن است حکم اعدام آنها صادر شود. شاه نیز دو روز بعد طی سخنرانی بیانات امام خمینی و تظاهرات مردم را به تحریک و پول بیگانگان – جمال عبدالناصر- دانست، زیرا جمال عبدالناصر در آن زمان به دلیل همکاری شاه و اسرائیل روابط خصمانه‌ای با شاه داشت. در این راستا رسانه‌های حکومتی ادعا کردند که شخصی به نام عبدالقیس از بیروت با هواپیما وارد فرودگاه مهرآباد شده و در گمرک مهرآباد حدود یک میلیون تومان پول از او به دست آمده و اعتراف کرده است که ناصر این پول‌ها را برای افراد معینی در ایران فرستاده است. عَلَم به وزارت‌های اقتصاد، دادگستری و کشور ایران دستور داد از خانواده قربانیان ۱۵ خرداد، حمایت کنند. در گزارش کمیسیون مربوطه آمده برای حمایت از خانواده‌هایی که سرپرست خود را از دست داده بودند، مقرری ماهانه تا بهمن ۱۳۵۷ از بودجه نخست‌وزیری داده می‌شد. واکنش علما و روحانیان بخشی از واکنش علما به شکل ارسال تلگراف، صدور اعلامیه و فرستادن نامه صورت گرفت. تلگراف‌های زیادی از طرف علما از شهرستان‌های مختلف به تهران ارسال شد که برخی خطاب به مجامع حکومتی بوده است و ضمن انتقاد از حکومت، خواستار آزادی امام و سایر دستگیرشدگان شده بود (مانند تلگراف انتقادآمیز آیت‌الله سید محمود حسینی شاهرودی و آیت‌الله سید محمد هادی میلانی به شاه) و برخی دیگر به زندان قصر و نزد امام ارسال و برای ایشان آرزوی سلامتی شده بود (مانند تلگراف ۶۱ روحانی قزوین و همچنین تلگراف ۱۳ نفر از علمای خرم‌آباد، قم و شهر ری به امام). البته ناگفته نماند که همزمان با تلگراف‌ها، اعلامیه‌هایی نیز از سوی علما و در انتقاد از دولت صادر شد که به‌عنوان نمونه، می‌توان به اعلامیه آیت‌الله سید محمدرضا گلپایگانی اشاره کرد که از دولت انتقاد کرده و خواستار آزادی هرچه سریع‌تر سید روح الله خمینی و سایر دستگیرشدگان شده بود. آیت الله سید محسن حکیم از مراجع تقلید شیعه پیشنهاد داد که علما به عنوان اعتراض به نجف هجرت کنند. امام خمینی نیز در نامه‌ای به آیت الله حکیم نوشت «ما می‌دانیم با هجرت مراجع و علمای اعلام ـ اعلی اﷲ کلمتهم ـ مرکز بزرگ تشیع در پرتگاه هلاکت افتاده و به دامن کفر و زندقه کشیده خواهد شد… ما عجالتاً در این آتش سوزان به سر برده و با خطر‌های جانی صبر نموده، از حقوق اسلام و مسلمین و از حریم قرآن و استقلال مملکت اسلام دفاع می‌کنیم و تا سر حد امکان مراکز روحانیت را حفظ نموده، امر به آرامش و سکوت می‌نماییم.» آیت‌ﷲ خویی از مراجع تقلید ساکن نجف نیز نسبت به وقایع ۱۵ خرداد این چنین اعلام موضع کرد. «بر هر فردی از افراد مسلمان در هر لباس و هر مقامی که باشند واجب است که از همکاری با این دولت خائن خودداری نمایند». *خبرگزاری صدا و سیمای مازندران، #قیام‌خونین‌۱۵‌خرداد @dghjkb