برخی از روحانیون، معتقد بودند که برنامههای انقلاب سفید، در تضاد با بنیادهای شریعت اسلام است. سرشناسترین روحانی مخالف روحالله خمینی بود که همهپرسی را «نامشروع» خواند و آن را تحریم کرد. شاه حق رأی به زنان را داد ولی خمینی در ۱۰ اسفند ۱۳۴۱، طی نامهای به شاه ایران از دادن حق رأی به زنان اعتراض کرد و آن را خلاف اصول قرآن و اسلام دانست
پارهای از نظرات روحالله خمینی دربارهٔ انقلاب سفید:
در قوانین ایران همهپرسی پیشبینی نشده استمعلوم نیست چه مقامی صلاحیت دارد همهپرسی نماید و این امری است که باید قانون معین کند.
لوایح ششگانه مبهماند و فاصله اعلان آنها تا زمان برگزاری همهپرسی اندک است و مردم مهلت اندیشیدن دربارهٔ آنها را ندارند.
اکثریت جامعه ایران قوه تشخیص فهم این اصول را ندارند.
رأی دادن باید در محیط آزاد باشد و این در ایران عملی نیست.
اعلامیههای اعتراضآمیز برخی روحانیون، به ویژه سخنرانیهای روحالله خمینی، سبب ایجاد برخی اعتراضات در بعضی طبقات جامعه نسبت به انقلاب سفید شد. این اعتراضات، منتج به درگیریهای خیابانی در برخی شهرها به ویژه مشهد و قم شد
در تاریخ ۲ فروردین۱۳۴۲ نظامیان با حمله به مدرسه فیضیه قم اجتماع مخالفان انقلاب سفید را سرکوب کردند. همزمان، به مدرسهٔ طالبیهٔ تبریز هجوم بردند و برخی از روحانیون به قتل رسیدند. خمینی، عید نوروز را به دلیل مصادف شدن با سال روز درگذشت جعفر صادق عزای عمومی اعلام کرد. سپس، یک سخنرانی را به مناسبت «شهادت» طلاب برگزار نمود. در ۱۵خرداد۱۳۴۲ مأموران امنیتی حکومت در قم، اقدام به دستگیری روحالله خمینی کردند.
