وی متولد ۱۴ فروردین ۱۳۱۴ شمسی (۱۳۵۴ قمری) در مشهد است. پدرش عبدالوهاب، که از یزد به مشهد مهاجرت کرده بود، از معتمدان و محترمان بازار مشهد بود.
حکیمی در سال ۱۳۲۰ تحصیلاتش را آغاز کرد. در سال ۱۳۲۶ وارد حوزه علمیه خراسان شد و ۲۰ سال از عمر خود را در این حوزه به تحصیل دروس مقدمات و سطح، خارج، فلسفه، ادبیات عرب، نجوم و تقویم گذراند.
محمد تقی ادیب نیشابوری، شیخ مجتبی قزوینی خراسانی، سید محمدهادی میلانی، احمد مدرس یزدی، اسماعیل نجومیان، حاج سید ابوالحسن حافظیان و حاجی‌خان مخیری از مهمترین اساتید وی بودند.
حکیمی اجازه اجتهاد را از آقابزرگ تهرانی در سال ۱۳۴۸ شمسی دریافت کرد.
از وی با عناوینی، چون «علّامه»، «استاد»، «فیلسوف عدالت» و «مرزبان توحید» یاد می‌شود. امام خمینی (ره) در پیامی به تاریخ ۱۳۴۸/۸/۲۸ او را با این جملات خطاب کرد «جناب مستطاب ثقة الاسلام آقای محمدرضا حکیمی - دامت افاضاته».
امام خامنه ای نیز در پیام تسلیت به مناسبت درگذشت علامه حکیمی این تعابیر را به کار بردند:
"ایشان دانشمندی جامع، و ادیبی چیره‌دست، و اندیشه‌ورزی نوآور، و اسلام‌شناسی عدالتخواه بودند".
کتاب الحیاة وی که یک دائرةالمعارف اسلامی است، از شهرت و اعتبار خاصی در جهان اسلام برخوردار است.
وی از مُجَدِّدانِ مکتب معارفی خراسان، مشهور به مکتب تفکیک است که معتقد به جدایی دین از فلسفه و عرفان است.
حدود پنجاه اثر از این استاد فرزانه تاکنون منتشر شده است که
کتاب های "عقل سرخ" ، "خورشید مغرب" ،"شیخ آقا بزرگ تهرانی" و "دانش مسلمین" از آن جمله اند.
