همراه بسیاری از ملیون و مبارزان دستگیر شد و تا پایان عمر کابینه سیاه سید ضیاءالدین طباطبایی در #قزوین زندان بود. پس از آزادی به #نمایندگی_مردم_تهران در #مجلس_چهارم انتخاب شد و به عنوان نایب رییس مجلس و رهبری اکثریت مجلس برگزیده شد. دوره پنجم مجلس در سال 1302 افتتاح شد و در این دوران پر اهمیت #تاریخ_مشروطه که با تغییر #سلسله_قاجاریه و روی کار آمدن #رضاخان همراه بود، مدرس رهبری اقلیت مجلس را بر عهده داشت.
رضاخان که به دنبال حذف قاجار و حاکمیت خود بود، طرح جمهوری را مطرح کرد اما وجود مدرس و رفقای او در مجلس که فراکسیون اقلیت را تشکیل می دادند، مانع از به سرانجام رسیدن طرح جمهوری رضاخانی گردید. یکی از وقاع مهم مجلس پنجم استیضاح رضاخان، توسط مدرس بود؛ اما، رضاخان توانست با #فریب و #نیرنگ، مقدمات تصویب #انقراض_قاجاریه را فراهم کند و در تاریخ 9 آبان 1304 این کار را عملی کرد و خود به پادشاهی ایران رسید.
. در طی برگزاری #انتخابات_مجلس_هفتم، اجازه نداد مدرس به مجلس راه یابد و ابتدا مدتی او را خانه نشین کرد و سپس در 16 مهر 1307 دستگیر و به دامغان و مشهد و سپس به خواف تبعید کرد. شهید مدرس 7 سال در خواف توسط مأموران تحت نظر بود و در 22 مهر 1316 از خواف به کاشمر منتقل شد. در این زمان رضاخان دستور قتل مدرس را به رییس شهربانی کاشمر داد ولی او به این کار تن نداد و در نتیجه این مأموریت به جهانسوزی، متوفیان و خلج واگذار شد. آنها در شب دهم آذر 1316 برابر با 27 رمضان 1356 قمری به سراغ آن عالم ربانی رفتند و او را به شهادت رساندند و جنازه را مخفیانه به خاک سپردند. قبر شهید مدرس پس از شهریور 1320 و خروج رضاخان از ایران، توسط اهالی محل شناسایی و مشخص گردید.