آیت اللّه سیدجواد خامنه ای متولد سال ۱۲۷۴ و اصالتا تبریزی بودند. جد ایشون با ۳۰واسطه به امام حسین(ع) و امام سجاد(ع) میرسه. پدر ایشون از روحانیون بزرگ تبریز بودند.

وقتی ۱۲ساله بود، پدرش-آیت الله سیدحسین خامنه ای- رو از دست داد و یتیم شد. روزهای سخت زندگی او و مادر و خواهرهاش شروع شد. تو سن ۲۰ سالگی بود با اصرار مادرش رو راضی کرد تا یک سفر تنهایی نجف بره و اونجا همه علما و روحانیون نجف، به احترام پدر مرحومش که عالم بزرگی بود به دیدنش رفتند.

۲۶ سالش بود که مادر رو هم از دست داد، دیگه نمیتونست زندگی توی تبریز رو طاقت بیاره. برای همین تصمیم گرفت به مشهد بره و دروس حوزه رو در مشهد ادامه بده. هرچقدر خواهر ها اصرار کردند تبریز بمونه فایده ای نداشت، حتی براش زن گرفتند اما تصمیم خودش رو گرفته بود. و همسرش رو هم به مشهد برد.

زندگی آیت الله سیدجواد خامنه ای، پر از غم و سختی بود. وقتی به مشهد رفت طلبه ای دست خالی بود که نه درآمدی داشت، نه ملکی، و نه منبری میرفت. یک تاجر به اسم حاج جلیل که از فامیل دور ایشون بود و بسیار برای پدر مرحوم ایشون احترام قائل بود، به ایشون کمک میکرد.

به درس اساتید مختلف می‌رفت و شاخه های مختلف علمی رو کنار هم ادامه میداد، عطش علم و مطالعه داشت و به کم راضی نمیشد. بعد ۹سال خدا به او و همسرش سه دختر داده بود. حاج جلیل بهش پیشنهاد کرد بخاطر استعداد و پشتکار علمیش به نجف بره و درسشو اونجا ادامه بده. خودش هم حمایتش کرد. نجف عالم های بزرگی داشت و حوزه علمیه قوی تر.

در کنار علوم حوزوی، ریاضیات و نجوم و ادبیات و اخلاق رو هم دنبال میکرد.

وقتی ۳۶ ساله بود به درجه اجتهاد رسید. و از پنج نفر علمای بزرگ نجف که استادش بودن اجازه اجتهاد گرفت.

بعد از چند سال دوباره به تبریز برگشت، بازهم روزگار روی تلخ خودش رو نشون داد و همسر جوانش بخاطر بیماری از دنیا رفت. و در حرم امام رضا دفن شد. حالا با سه دختر یتیم در مشهد تنها بود‌.

در حرم امام رضا(ع) امام جماعت نماز صبح مسجد گوهرشاد بود و مردم پشت سرش نماز میخوندن. و این تا آخر عمر ایشون ادامه داشت.

بعدا دوستانش به او پیشنهاد کردند به خواستگاری دختر آقاسیدهاشم میردامادی بره. آقاسیدجواد همسری میخواست که زندگی طلبگی رو درک کنه و بتونه از سه دخترش مواظبت کنه.

دختر آقاسید میرهاشم علاقمند به ادبیات و شعر بود. وقتی بحث خواستگاری پیش اومد، تفالی به حافظ زد و این بیت اومد: بالابلند عشوه گر نقش باز من کوتاه کرد قصۀ زهد دراز من روز خواستگاری هم دید که آقاسیدجواد قد بلندبالایی داره.

توضیحات رهبرشهید درباره مادرش مادرم یک خانم بسیار فهمیده، با سواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظ شناس- البته حافظ شناس که می‌گویم، نه به معنای علمی و اینها، به معنای مانوس بودن با دیوان حافظ – با قرآن کاملا آشنا بود و صدای خوشی هم داشت و برای ما قرآن میخواند.