🔹باشروع جنگ تحمیلی نقش ویژ‌ه‌ای در سامان‌دهی اطلاعات ایفا کرد و به جمع‌آوری نقشه‌ها و پیاده کردن وضعیت مناطق عملیاتی روی آنها، اقدام کرد و برای ارزیابی توان و استعداد دشمن، با چالاکی و شجاعت پیش می‌رفت. ؛ فعالیت‌های مثبت او در این زمینه با سازماندهی عناصر اطلاعاتی و برگزاری آموزش مختصری برای آنها، منجر به راه‌اندازی «واحد اطلاعات عملیات» در ستاد عملیات جنوب گردید.

🌷در نهایت حسن باقری در نهم بهمن ماه ۱۳۶۱ برای شناسایی و آماده‌سازی عملیات والفجر مقدماتی در خطوط مقدم چنانه (منطقه فکه) در سنگر دیده‌بانی مورد هدف گلوله خمپاره دشمن قرار گرفت و به شهادت رسید..

🌷نحوۀ شهادت: پس از عملیات رمضان در شهریور ماه ۱۳۶۱ که مقارن با ایام حج بود، در پاسخ به پیشنهاد یکی از دوستانش جهت عزیمت به سفر حج گفته بود: هنوز که کار جنگ تمام نشده و دشمن بعثی در خاک ماست، بروم به خدا چه بگویم؟ وقتی می‌روم که حرفی برای گفتن داشته باشم. چند ماه پس از این صحبت در نهم بهمن ماه ۱۳۶۱ در طلیعه ایام دهه فجر در حالی‌که تعدادی از همرزمان و هم‌سنگرانش به دیدار حضرت امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه) شتافته بودند، او برای شناسایی و آماده‌سازی عملیات والفجر مقدماتی به‌همراه تعدادی از برادران سپاه در خطوط مقدم چنانه (منطقه فکه) در سنگر دیده‌بانی مورد هدف گلوله خمپاره دشمن بعثی قرار گرفت و همراه هم‌سنگرانش شهیدان مجید بقایی، وزوائی و ... به لقاءالله شتافت. آخرین کلامی که از این شهید بزرگوار شنیده شد پس از ذکر شهادتین، نام امام شهیدان حسین (علیه‌السّلام) بود. شهید باقری در همه مدت حضورش در جبهه‌های جنگ تنها یک‌بار، آن‌هم به‌مدت پنج روز برای ازدواج، از جنگ جدا شد و به جهت عشق به حضرت امام زمان (عجّل‌الله‌فرجه‌الشریف) نام نرگس را برای تنها فرزندش برگزید.