نگاهی به وقایع قرای ثلاثه از صفویه تا تحریم تنباکو در متون دوران صفویه از جمله طومار شیخ بهایی و تذکره نصرآبادی پس از نام خوزان، فروشان و ورنوسفادران «از قرای ثلاثه» آمده است واین نشان می دهد که منطقه با عنوان مذکور شناخته می شده است که البته، مرکز ماربین بوده است. از صفویه تا رایج شدن نام سده برگ‏های زیادی از تاریخ در این منطقه رقم خورده که خلاصه ای از آنها پیش روست: از همان اوایل ظهور حکومت صفویه افرادی از آبادی‏های ماربین از جمله خوزان به مناصبی دست یافتند. در راس آنها یاراحمد خوزانی بود. شاه اسماعیل یکم پس از درگذشت وزیر نجم مسعود گیلانی در خامنه، وزارت را به او سپرد و وی را نجم ثانی نامید. سعدالدین عنایت‏اله خوزانی وزیر دیگر صفوی بود که شاه تهماسب یکم در سال913 خورشیدی مقام وزارت را به وی داد. از سوی دیگر شرایط انتخاب پایتختی اصفهان توسط شاه عباس سبب شد تا شاعران و هنرمندانی در آبادی‏های ماربین رشد و نمو کنند. در تذکره نصرآبادی اسامی تعدادی ازآنها آمده است. مولانا عبدالحق، موسیقی‏دان و شاعر ورنوسفادرانی، ميرزا‏محمد شفيع خوزانی، هنرمند، واقف و خیر، شاغل در دفترخانه سلطنتی صفوی و بانی مدرسه شفيعيه، میرزاحسن‌علی نصرآبادی، از شاعران و صاحب منصبان دوره، شاه عباس اول، کلبعلی ورنوسفادرانی، استاد سنگ‏تراش چیره دست، شاعر، کاتب سجلات و فرزندانش، محمد شریف و حیدرعلی از جمله آنها بودند. فضلی خوزانی، نگارش افضل‌التواريخ را در این دوران به پایان رساند. در عصر صفوی عصارخانه ورنوسفادران از عناصر تولیدی بازار ورنوسفادران بنا نهاده شد و حلاجی در این بازار رونق ویژه داشت. تعمیر و توسعه مسجد جامع خوزان در سنه 1036 خورشیدی اتفاق می افتد. از آنجا که شاه عباس قبایلی را از آسیای میانه به مناطقی از اصفهان کوچ داد، عده‏ای مهاجرت این اقوام و قبایل را در این دوران به آبادی‏های بزرگ ماربین مطرح می کنند. از سوی دیگر در این سالها به دلیل محدودیت‏های ایحاد شده توسط حکومت صفوی برای زرتشتیان عده‏ای از آنها از آبادی‏های ماربین به روستای خرمشاه یزد مهاجرت کردند. در دوران صفوی باران سیل آسا، طغیان زاینده رود و شیوع طاعون و قحطي در اصفهان به کرات اتفاق افتاد، از جمله در دوره شاه سليمان، که دلیل آن نحسی ایام تاجگذاری وی تشخیص داده شد و منجر به تکرار مراسم تاج‌گذاری، تغییر نام شاه و ضرب دوباره سکه و مهرهای سلطنتی با نام جدید سلیمان می‏شود تا بلایا بر طرف شود. اما مهمترین رخداد در این دوران سقوط اصفهان به دست محمود افغان در آبان 1101 (محرم۱۱۳۵) بود. محاصره اصفهان به دنبال یک شورش داخلی از یکی از شهرهای سُنّی‌نشینِ ناراضی آغاز شد. به دنبال آن شورشیان به رهبری محمود و همراهی بلوچ‏ها و زرتشتی‌ها به اصفهان رسیدند و شهر را به محاصره درآوردند. در نتیجه در پایتخت قحطی سختی حکمفرما شد و پس از شش ماه، شاه سلطان حسین اصفهان را بدون قید و شرط تسلیم محمود کرد. در این شرایط اهالی سده تسلیم نشده و مقاومت جانانه‏ای در مقابل آنها انجام دادند. حکومت غلجایی‌ها(افاغنه) در ۱۱۰۸ خورشیدی (۱۱۴۲ قمری) به پایان ‌رسید. و کسانی مانند نادر به فکر احیای حکومت صفویه و سپس تشکیل حکومت جدید افتادند. از آنجا که هسته مقاومت از پیش در مقابل افغان‏ها در ورنوسفادران تشکیل شده بود، نیروهای آن به لشکر نادر پیوسته و در نبردهای وی شرکت کردند، از جمله علی‏خان کیانی در حمله نادر به هندوستان یکی از سرداران وی بود. همچنین تعدادی از صاحب منصبان قرای ماربین اواخر دوره صفوی به نادر پیوستند، ولی در ادامه نادر بر تعدادی از آنها مانند میرزا فتح‏اله جناب خوزانی و محمد ابراهیم خوزانی غضب کرد و دستور قتل آنها را داد. محمد ابراهیم خوزانی از علمای قرن دوازدهم، در فقه، اصول و حکمت، قاضی اصفهان و قاضی عسکر نادر بود. بعضی از پژوهشگران معتقدند نادرشاه اموال اینان را برای مخارج لشکرکشی‏ های خود صرف کرد. در این دوران نیز هر چند سال یکبار تا پایان دوره قاجار قحطی در کشور از جمله آبادی‏های ماربین تکرار می‏شده است که قحطی سال ۱۲۱۰(1247 ه. ق) که سه سال طول کشید و مردم علف می‏خوردند و گندم یک من چهار هزار دینار شد و قحطی سال ۱۲۵۰(1288 ه. ق) معروف به آدم خوری از مشهورترین آنها هستند. در این شرایط حکام کشوری و منطقه ‏ای به چپاول مردم می پرداختند، تنها در دوران کریم‏خان زند وی تلاش‏های فراوانی برای مبارزه با قحطی و کمک به مردم از جمله در اصفهان و بلوک آن نمود. وی آقا محمد ماربینی از آبادی رهنان را به سمت حاکم اصفهان منصوب کرد. ساخت حمام بزرگ در رهنان، سرای گلشن و بازار جنب آن در بازار بزرگ نقش جهان در کارنامه وی وجود دارد عده‏ای عنوان می‏کنند، آقا محمد خانه ‏ای نیز در محله گاردر داشته است