🌿مرجعيت🌿 ‌ پس از يك سال شيخ مستقلاً به تدريس و تصنيف روى آورد و روز به روز بر شهرت و عظمت شيخ افزوده مى‌گشت. نبوغ علمى و فكرى او زبانزد خاص و عام شده بود و همه او را مرجع و ملجأ خود مى‌شناختند. شيخ در نجف كرسى استادى داشت تا اينكه در سال ۱۲۶۶ هجرى قمرى، از طرف شيخ محمد حسن نجفی صاحب جواهر به مرجعيت عامه رسيد. صاحب جواهر در بستر مرگ دست شيخ را گرفت و گفت: اين مرد بعد از من مرجع شما خواهد بود. اين عمل صاحب جواهر به آن جهت بود كه شيخ بيشتر معرفى گردد. شيخ با سعيد العلماء مازندرانى در كربلا هم‌درس بود و او را بر خود ترجيح مى‌داد. به اين سبب بعد از فوت صاحب جواهر از فتوا دادن خوددارى نموده، نامه‌اى به اين مضمون به ايشان نوشت: "هنگامى كه شما در كربلا بوديد و با هم از محضر شريف العلماء استفاده مى‌نموديم، فهم تو از من بيشتر بود، حال سزاوار است به نجف آمده و اين امر مهم را متكفل شوى." و سعيد العلماء در جواب نوشت: "آرى، لكن شما در اين مدت در آنجا مشغول به تدريس و مباحثه بوديد و من در اينجا گرفتار امور مردم مى‌باشم و شما در اين امر از من سزاوارتر هستى." شيخ پس از رسيدن اين نامه به حرم مطهر حضرت على عليه السلام مشرف شد و از حضرت خواست كه وى را در اين امر مهم يارى فرمايد. از سال ۱۲۶۶ هجرى قمرى تا هنگام وفات شيخ، يعنى ۱۵ سال تمام، رياست حوزۀ علميّۀ نجف اشرف در دست با كفايت او بود و عامۀ شيعيان جهان از وى تقليد مى‌كردند و مورد احترام پادشاهان و سلاطين نيز بود. مرجعيت دينى مطلق شيخ سبب گرديد كه بيشتر وجوه شرعى شيعيان هند تا مغرب اقصى كه پيش از وى به روحانيان محلى پرداخت مى‏ گرديد براى او فرستاده شود. شيخ زندگى بسيار زاهدانه و ساده‏اى داشت و چون درگذشت، دو دخترش كه تنها فرزندان وى بودند چندان توانايى مالى نداشتند كه براى وى مراسم سوگوارى برپا دارند.