آن چه مسلّم است، این است که این مسجد بیش از یک هزار سال پیش به فرمان حضرت بقیة الله (عجّل‌الله‌تعالی‌فرجه‌الشریف) در بیداری، (نه در خواب) تاسیس گردید و در طول قرون و اعصار، پناهگاه شیعیان و پایگاه منتظران و تجلی‌گاه حضرت صاحب الزمان (علیه‌السّلام) بوده است.
علامه‌ی بزرگوار، میرزا حسین نوری، (متوفّای ۱۳۲۰ هجری) در کتاب ارزشمند نجم الثاقب (که به فرمان میرزای بزرگ، آن را تالیف کرد و میرزای شیرازی، در تقریظ خود، از آن ستایش فراوان کرد و نوشت: برای تصحیح عقیده‌ی خود، به این کتاب مراجعه کنند تا از لمعانِ انوار هدایت‌اش، به سر منزل یقین و ایمان برسند.) تاریخچه‌ی تاسیس مسجد مقدس جمکران به شرح زیر آورده است.
شیخ فاضل، حسن بن محمّد بن حسن قمی، معاصر شیخ صدوق، در کتاب تاریخ قم از کتابِ مونس الحزین فی معرفة الحقّ و الیقین (از تالیفات شیخ صدوق) بنای مسجد جمکران را به این عبارت نقل کرده است.
۵.۱ - ملاقات حسن بن مثله با امام
شیخ عفیف صالح حسن بن مُثله‌ی جمکرانی می‌گوید: شب سه‌شنبه، هفدهم ماه مبارک رمضان ۳۷۳ هجری، در سرایِ خود خفته بودم که جماعتی به درِ سرای من آمدند، نصفی از شب گذشته بود، مرا بیدار کردند و گفتند: «برخیز و امر امام محمّد مهدی صاحب الزّمان (عجّل‌الله‌تعالی‌فرجه‌الشریف)، را اجابت کن که ترا می‌خواند.»
حسن بن مثله می‌گوید: «من، برخاستم و آماده شدم»، چون به درِ سرای رسیدم، جماعتی از بزرگان را دیدم، سلام کرد، جواب دادند و خوش‌آمد گفتند و مرا به آن جایگاه که اکنون مسجد (جمکران) است، آوردند.»
چون نیک نگاه کردم، دیدم تختی نهاده و فرشی نیکو بر آن تخت گسترده و بالش‌های نیکو نهاده و جوانی سی‌ساله، بر روی تخت، بر چهار بالش، تکیه کرده، پیرمردی در مقابل او نشسته، کتابی در دست گرفته، بر آن جوان می‌خواند.
بیش از شصت مرد که برخی جامه‌ی سفید و برخی جامه‌ی سبز بر تن داشتند، بر گرد او روی زمین نماز می‌خواندند.
۵.۲ - گرفتن زمین از حسن بن مسلم
آن پیرمرد که حضرت خضر (علیه‌السّلام) بود، مرا نشاند و حضرت امام (عجّل‌الله‌تعالی‌فرجه‌الشریف) مرا به نام خود خواند و فرمود: «برو به حسن بن مسلم بگو: «تو، چند سال است که این زمین را عمارت می‌کنی و ما خراب می‌کنیم، پنج سال زراعت کردی و امسال دیگر باره شروع کردی، عمارت می‌کنی، رخصت نیست که تو دیگر در این زمین زراعت کنی، باید هر چه از این زمین منفعت برده‌ای، برگردانی تا رد این موضع مسجد بنا کنند.»
به حسن بن مسلم بگو: «این جا، زمین شریفی است و حق تعالی این زمین را از زمین‌های دیگربرگزیده و شریف کرده است، تو آن را گرفته به زمین خود ملحق کرده‌ای! خداوند، دو پسر جوان از تو گرفت و هنوز هم متنبّه نشده‌ای! اگر از این کار بر حذر نشوی، نقمت خداوند، از ناحیه‌ای که گمان نمی‌بری بر تو فرو می‌ریزد.»
حسن بن مثله عرض کرد: «سیّد و مولای من! مرا در این باره، نشانی لازم است؛ زیرا، مردم، سخن مرا بدون نشانه و دلیل نمی‌پذیرند.»
امام (علیه‌السّلام) فرمود: «تو برو رسالت خود را انجام بده، ما، در اینجا، علامتی می‌گذاریم که گواه گفتار تو باشد، برو به نزد سیّد ابوالحسن، و بگو تا برخیزد و بیاید و آن مرد را بیاورد و منفعت چند ساله را از او بگیرد و به دیگران دهد تا بنای مسجد بنهند، و باقی وجوه را از رهق در ناحیه‌ی اردهال که ملک ما است، بیاورد، و مسجد را تمام کند، و نصفِ رهق را بر این مسجد وقف کردیم که هر ساله وجوه آن را بیاورند و صرف عمارت مسجد کنند.
۵.۳ - امر به نماز تحیت مسجد
مردم را بگو تا به این موضع رغبت کنند و عزیز بدارند و چهار رکعت نماز در این جا بگذارند: دو رکعت نماز تحیّت مسجد، در هر رکعتی، یک بار سوره‌ی حمد و هفت بار سوره‌ی قل هو الله احد (بخوانند) و تسبیح رکوع و سجود را، هفت بار بگویند.
۵.۴ - امر به نماز امام زمان
و دو رکعت نماز صاحب الزمان بگذارند، بر این نسق که در (هنگام خواندن سوره‌ی) حمد چون به «ایّاک نعبد و ایّاک نستعین» برسند، آن را صد بار بگویند، و بعد از آن، فاتحه را تا آخر بخوانند، رکعت دوم را نیز به همین طریق انجام دهند، تسبیح رکوع و سجود را نیز هفت بار بگویند، هنگامی که نماز تمام شد، تهلیل (یعنی، لا اله الاّ الله) بگویند و تسبیح فاطمه‌ی زهرا (علیها‌السّلام) را بگویند، آن گاه سر بر سجده نهاده، صد بار صلوات بر پیغمبر و آل‌اش (صلوات‌الله‌علیهم) بفرستند.»
و این نقل، از لفظ مبارک امام (علیه‌السّلام) است که فرمود: «فَمَنْ صَلاّهُما، فَکَاَنَما صَلّی فِی الْبَیْتِ الْعَتیقِ؛ هر کس، این دو رکعت (یا این دو نماز) را بخواند، گویی در خانه‌ی کعبه آن را خوانده است.»
حسن بن مثله می‌گوید: «در دل خود گفتم که تو این جا را یک زمین عادی خیال می‌کنی، اینجا مسجد حضرت صاحب الزمان (علیه‌السّلام) است.»
۵.۵ - امر به قربانی در مسجد